羅氏454 GS Junior HLA分型獲得歐洲認可
GS Junior HLA分型獲得歐洲認可
羅氏454測序在HLA分型方面的應用由來已久。最近，奧地利一實驗室對臨床樣本通過GS Junior測序實現(xiàn)了高分辨率分型，該平臺已經于去年底通過歐洲認證，將在納入奧地利的醫(yī)療保險體系，用于病人移植前配型。負責該實驗的研究人員表示通過GS Junior可以高效、低價以及高分辨率對HLA基因進行分型，結果可用于移植前的配型。該實驗室自主建立了測序前樣本制備自動化方案，測序實驗方案，以及測序后的生物信息分析流程，結合GS Junior的高通量單克隆測序，可以達到現(xiàn)有的Sanger測序HLA分型準確性，而又擁有成本和價格方面優(yōu)勢，足以代替原有方法。
在目前的實驗中，一次GS Junior實驗可10個樣本、每個樣本17個外顯子同時測序，這些測序位點既包括常用的HLA基因分型測序外顯子如HLA I類、II類基因的第2、3外顯子，而且為進行高分辨率判斷，還包括了額外的部分內含子和外顯子區(qū)域如HLA-C基因的第7外顯子。
文庫制備的自動化方案依靠Hamilton的自動化移液平臺實現(xiàn)，僅需要一個實驗員2個小時的手工操作時間，就可以滿足該平臺的通量需求，因而保證了GS Junior平臺的臨床應用。數據分析方面，采用了Conexio公司的一款基于454測序數據而開發(fā)的軟件，實驗室成功建立對大量數據有效數據分析流程。
該實驗室在2012年的這一實驗平臺對172個病人進行分型，這些病人已有Sanger測序數據以及部分親屬的Sanger測序結果。比較后，發(fā)現(xiàn)GS Junior的結果與Sanger結果一致，部分結果甚至達到了更高的HLA基因型分辨率，從而獲得了平臺認證。
454平臺之外，該實驗室曾嘗試使用其他二代測序平臺進行HLA測序，但從目前的數據結果來看其他平臺的數據還不能到達HLA分型的要求，主要原因在HLA分析對讀長要求高，只有在足夠長的讀長下才可以保證分型判斷的準確性。
除了該實驗室自主開發(fā)的這一測試之外，羅氏也有基于454平臺的HLA分型試劑盒GType HLA Kit可進行高分辨率及中分辨率的分型，此外也有其他實驗室在利用454平臺開發(fā)自己的實驗流程。隨著更多這類試劑盒及自動化方案的推出，相信將為臨床等相關應用提供更多參考信息。
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