新品直播|新格元單細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組測序服務上市

把握動態(tài)變化，辨別新舊之分
元小新今天帶您來看
DynaSCOPE^®+AccuraCode^®
結(jié)合起來會迸發(fā)怎樣的火花  
新格元AccuraCell™單細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)將AccuraCode^®核心原理Well Barcode beads與DynaSCOPE^®海量單細胞轉(zhuǎn)錄動態(tài)監(jiān)測的核心原理RNA代謝標記完美結(jié)合，可對單孔中的“新”與“舊”RNA進行轉(zhuǎn)錄動態(tài)監(jiān)測，將JPG圖片變成GIF動圖，真實動態(tài)變化盡在掌握！為研究藥物篩選及早期胚胎發(fā)育等方面提供新思路！

GIF動圖快照之法
 
(1)將細胞短暫暴露于添加有尿嘧啶核苷類似物(S⁴U)的培養(yǎng)基中以標記新生RNA；
(2)將適量的細胞投入裝有Well Barcoding Beads板中，細胞裂解后帶有獨特Well Barcode及UMI的Well Barcoding Oligo通過polyT序列，對細胞內(nèi)mRNA分子進行捕獲標記；
(3)收集各樣本孔的Barcoding Beads，對mRNA進行堿基轉(zhuǎn)換處理，尿嘧啶類似物轉(zhuǎn)變成胞嘧啶類似物；
(4)反應后，將Barcoding Beads捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA并擴增，再經(jīng)過片段化、連接接頭等步驟后構(gòu)建適用于illumina測序平臺的測序文庫。
 
GIF動圖繪制之道
1、一站式解決方案：從RNA捕獲、文庫構(gòu)建到數(shù)據(jù)分析全流程；
2、性價比高：構(gòu)建混合文庫，可降低成本；
3、適用類型廣：適用多種細胞類型，貼壁細胞和懸浮細胞均可；
4、分辨率更高：相比傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄動態(tài)監(jiān)測技術(shù)依靠基因工程等技術(shù)，本技術(shù)基于RNA測序的轉(zhuǎn)錄動態(tài)監(jiān)測技術(shù)，無需基因工程等技術(shù)即可在單細胞層面上監(jiān)測細胞的轉(zhuǎn)錄動態(tài)；
5、AccuraCell™單細胞測序方案適用于樣本起始細胞少(分選后的細胞或者特殊樣本和珍貴樣本)，轉(zhuǎn)錄組和轉(zhuǎn)錄速率都可以在單細胞層面分析，不受細胞大小限制。

GIF動圖數(shù)據(jù)之美
 
Case1 人鼠皆可繪畫
a實驗設計：小鼠骨髓和人的PBMC分別用S⁴U標記2h之后，分裝到96孔板內(nèi)。
對照組：1000細胞投入量，不做堿基轉(zhuǎn)換；
測試組：1個細胞/孔(每個樣品45個孔)，mRNA捕獲后做堿基轉(zhuǎn)換。
b實驗目的：測試單個細胞投入量下，兩種樣本的基因檢出和轉(zhuǎn)錄活躍度。
c實驗結(jié)論：單個細胞投入下，各樣本的基因檢出數(shù)較高(表1)，小鼠骨髓的轉(zhuǎn)錄活性高于人PBMC樣本(圖1A，B)。
d結(jié)果展示： Case2 梯度不在話下
a實驗設計：K562細胞系S⁴U標記2h，每組的細胞投入量分別為10cells/well、100cells/well、1000cells/well，mRNA捕獲后堿基轉(zhuǎn)換。
b實驗目的：測試不同細胞投入量下，樣本的轉(zhuǎn)錄活躍度及試劑盒適配性。
c實驗結(jié)論：與untreated對比，堿基轉(zhuǎn)換處理后T-C堿基轉(zhuǎn)換率較高(圖2A)；投入不同細胞數(shù)，基因?qū)用娴男律鶵NA比例相差不大(圖2B)；不同細胞投入量，基因表達相關(guān)性很好，孔間重復性好(圖2C)。各組樣本的轉(zhuǎn)錄活躍度較接近，表明該技術(shù)可滿足1-1000cell/well的細胞投入量。
d結(jié)果展示：  
Case3 言師采藥來
a實驗設計：人A549細胞系使用藥物處理6h和24h，處理結(jié)束前2h加入S⁴U標記；每組樣本的細胞投入量為100cells/well，mRNA捕獲后堿基轉(zhuǎn)換。
b實驗目的：測試藥物處理后，樣本轉(zhuǎn)錄水平的動態(tài)變化情況。
c實驗結(jié)果：24h的新生RNA比例高于6h(圖3A)；轉(zhuǎn)錄組維度檢測出藥物處理前后數(shù)百個基因表達上調(diào)或下調(diào)(圖3B)；在藥物處理24h和空白處理組對比中，通過轉(zhuǎn)錄動態(tài)測序發(fā)現(xiàn)一些表達量變化不大，但是轉(zhuǎn)錄動態(tài)變化很大的基因。這些基因通常在普通轉(zhuǎn)錄組測序中被忽略，但可通過轉(zhuǎn)錄動態(tài)測序挖掘出來，為藥物作用機制和相關(guān)通路的分析提供新的思路(圖3C)。
d實驗結(jié)論：新生RNA維度檢測出表達量差異不大的基因的轉(zhuǎn)錄動態(tài)的變化，提供了多維度信息。
e結(jié)果展示：  
 
GIF動圖轉(zhuǎn)軸之景
 
1、藥物篩選下轉(zhuǎn)錄動態(tài)的檢測：監(jiān)測新生RNA水平
該研究用CDK抑制劑處理K562細胞系15min，接著進行45min 4sU孵育。結(jié)果顯示總轉(zhuǎn)錄本水平上無明顯變化，而新合成的轉(zhuǎn)錄本被大量抑制，更符合藥物處理的結(jié)果。所以從新生RNA角度更能體現(xiàn)藥物處理帶來的影響。  
2、檢測不同劑量的藥物觸發(fā)不同的轉(zhuǎn)錄反應
前期研究發(fā)現(xiàn)BET抑制劑(JQ1)能調(diào)控BRD4基因的轉(zhuǎn)錄水平，為了研究其轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制，對K562細胞系進行了30min不同濃度的JQ1藥物處理，然后用4sU標記60min。研究發(fā)現(xiàn)采用低濃度JQ1，轉(zhuǎn)錄下降有了選擇性(圖A，B)，其中發(fā)現(xiàn)一些對BET抑制劑處理非常敏感且在AML中非常重要的基因變化顯著，包括MYC等(圖C)；CDK9抑制劑(NVP-2)能夠抑制基因的轉(zhuǎn)錄，而與JQ1處理引起的轉(zhuǎn)錄改變完全不同，同時用JQ1和低濃度NVP-2處理細胞時，表達譜與同高濃度NVP-2處理比較類似(圖D，E),說明CDK9和BET抑制劑有強協(xié)同作用。該研究說明中通量單細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組測序能幫助我們篩選最優(yōu)藥物濃度組合。  
3、同時分析多種細胞+不同種藥物+不同藥物濃度的對比/篩選
高通量篩選是藥物發(fā)現(xiàn)的主要手段，很多都是基于靶標和表型的篩選，例如RNA-seq，但通量低，需要開發(fā)一種通量更高且成本更低的方法，可以在多個實驗條件下篩選大量化合物。該研究用433種具有靶標藥物性質(zhì)的化合物處理骨肉瘤U2OS細胞，88個被鑒定為有效化合物(＞50個基因顯著改變)。聚類分析得出，同一簇中不同化合物的藥理作用機制(MoA)相同，進而可以推測出同一簇其他靶標化合物的MoA(圖A)。在被干擾細胞周期的藥物處理后，CDC20和CCNF(參與細胞周期功能)被下調(diào)(圖C)。不同濃度藥物處理下的細胞基因表達具有差異(圖F)。該研究僅為藥物處理后某一時間點的轉(zhuǎn)錄情況，AccuraCell™單細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組測序可在其基礎(chǔ)上添加時間維度，研究藥物處理一段時間內(nèi)的轉(zhuǎn)錄動態(tài)變化，從新生RNA角度更能體現(xiàn)藥物引起的直接轉(zhuǎn)錄變化，深層次解析藥物響應機制。
 

 

直播信息
 
AccuraCell™單細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組測序解決方案面對面啦！掃碼報名，讓我們相約2022年12月1日14:00，觀看直播，更有驚喜好禮相送~