跨越緯度突破精度! 斑馬魚和10x Genomics深化合作

10x Genomics 三大技術(shù)解鎖生物學(xué)全領(lǐng)域

10x Genomics單細(xì)胞、空轉(zhuǎn)、原位三大技術(shù)總覽

Chromium單細(xì)胞解決方案

優(yōu)勢方案

檢測通量更大, 可并行運行最多8個樣本，每個通道500-2萬細(xì)胞(或細(xì)胞核); 細(xì)胞捕獲率高達(dá)80%、 雙細(xì)胞率低至0.4%雙細(xì)胞率/1000個細(xì)胞。

樣品(包括全血)先固定保存, 后續(xù)再決定用哪些樣本。每個通道最多批處理16個樣本(混樣)和128000個細(xì)胞。兼容FFPE樣品、新鮮或PFA固定的組織、細(xì)胞和細(xì)胞核樣品。

Visium HD -高清晰度探索空間全轉(zhuǎn)錄組

Visium HD  單細(xì)胞水平全轉(zhuǎn)錄組

• 人和小鼠的空間全轉(zhuǎn)錄組分析

• 高質(zhì)量數(shù)據(jù): 針對每個基因設(shè)計3組 RNA 模板連接（RTL）探針組，確保高靈敏度和高特異性; 精確的儀器驅(qū)動雙識別區(qū)域探針捕獲

• 單細(xì)胞水平：由2μm條形碼方塊無縫連接組成連續(xù)的6.5 mm網(wǎng)格

• 檢測通量:  捕獲區(qū)域6.5 mm X 6.5 mm X 2(每張芯片)或11 mm X 11 mm X 2(每張芯片)

• 廣泛的組織兼容性: 無需對不同組織做優(yōu)化

• CytAssist:

  −無需修片

  −精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)錄本定位和捕獲

  −靈活的組織切片區(qū)域選擇

  −廣泛的可及性：新制備的組織切片或已存檔的FFPE、H&E染色載玻片

  −降低實驗難度, 避免組織貼片導(dǎo)致的樣品損失和實驗失敗

• 經(jīng)驗證的FFPE(20+種組織驗證)、新鮮冷凍(7種組織驗證)或固定冷凍組織(5種組織驗證)樣品實驗方案

• 增強的組織形態(tài)學(xué)：在同一切片上進行H&E或IF染色

• 強大的分析和可視化: Space Ranger & Loupe Browser

Xenium in Situ  亞細(xì)胞水平的精確轉(zhuǎn)錄組信息與組織形態(tài)學(xué)的

結(jié)合

一張切片, 一個panel 實現(xiàn)小鼠全組織分析(~1.4 M cells and ~177 M transcripts)

目標(biāo)基因精準(zhǔn)的亞細(xì)胞定位揭示組織局部的細(xì)胞信息

Xenium in Situ  高通量、高分辨率、簡單易用

• 靈活的預(yù)制panel和可定制化panel檢測, 兼容FF和FFPE樣本

  −11個經(jīng)過高度優(yōu)化和驗證的248-5006個基因的組織特異性或多組織panel (可增加定制多達(dá)100個靶標(biāo))

  −或50-480個基因的獨立全定制

  −或不同物種、異構(gòu)體/基因異位、異體移植物、外源序列、SNVs和TCR/BCR Profiling的高級定制

• 掛鎖探針化學(xué)設(shè)計, 四步驗證, 可實現(xiàn)與單細(xì)胞測序相當(dāng)?shù)母哽`敏度, 可靠地捕獲短基因和降解的FFPE轉(zhuǎn)錄物

• 精確的細(xì)胞分割: 利用多個形態(tài)特征(細(xì)胞膜、細(xì)胞核、細(xì)胞內(nèi)容物RNA核細(xì)胞內(nèi)容物蛋白)和專門設(shè)計的算法, 實現(xiàn)數(shù)據(jù)驅(qū)動且高度可信的轉(zhuǎn)錄本-細(xì)胞分配, 適用于所有組織的相同染色方法和protocol。

• 簡單的工作流程: 從切片到上機檢測只需2.5天時間（包括細(xì)胞分割染色），其中濕實驗4-5小時

• 大的可分析區(qū)域和快速的運行時間: 10.5 X 22.5 mm X 2捕獲區(qū)域, v1需要2.6天，5k 不到六天的運行時間

• 無需根據(jù)組織類型優(yōu)化樣品制備, 在廣泛的組織/細(xì)胞類型中表現(xiàn)良好的準(zhǔn)確

• 非破壞性的實驗流程：能夠在同一部分上運行多個分析（如IF、H&E和Visium HD）

• 強大直觀的可視化分析: Xenium運行完成后，立即對每張組織切片的每個成像區(qū)域進行直觀的數(shù)據(jù)可視化, 開放文件格式兼容眾多第三方工具。

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