菌落PCR(Colony PCR)可不必提取基因組DNA,不必酶切鑒定,而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進行PCR擴增,省時少力。建議使用載體上的通用引物。通常利用此方法進行重組體的篩選或者DNA測序分析。最后的PCR產(chǎn)物大小是載體通用引物之間的插入片斷大小。
實驗方法原理 | 直接挑取菌落進行PCR,PCR的95℃加熱可以破胞,釋放基因組DNA或質(zhì)粒,成為PCR體系的模板,然后進行鏈?zhǔn)綌U增。 |
---|---|
實驗材料 |
基因樣品 |
試劑、試劑盒 |
dNTP PCR混合液 |
儀器、耗材 |
PCR儀 |
實驗步驟 |
1. PCR混合液的制備
(1)Taq buffer(10×) 180 ul (2)dNTP(2.5 mM) 20~25 ul (3)Primer Forward(引物濃度在10 Pmol) 5 ul (4)Primer Reverse(引物濃度在10 Pmol) 5 ul (5)ddH2O 147 ul (6)Taq(2 U/ul) 12~15 ul 2. 常溫下隨機挑選轉(zhuǎn)化板上的轉(zhuǎn)化子,用滅菌的牙簽或槍頭挑取單個菌落(強調(diào)單個,不能是雙克。贚B瓊脂糖平板上輕點,做一拷貝。 3. 然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應(yīng)的裝有PCR管中或者96空pcr反應(yīng)板(管子做好記號,如平板上點的是1#,則管子上也標(biāo)1#,以便篩選到克隆后的擴到培養(yǎng))。 4. 挑好單克隆菌落后將之前配制好的PCR混合液加入體系是30 ul。 5. 將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中,按常規(guī)條件擴增。 6. 將擴增出來的反應(yīng)液中加入溴酚藍或是其他染料,電泳檢測是否得到目的片斷。如有則為陽性克隆。 7. 將已經(jīng)接種有菌落的平板置37℃培養(yǎng)箱培養(yǎng)過夜,使菌落擴增。 8. 次日挑選陽性克隆做進一步篩選或培養(yǎng)。步驟2也可以不點板,直接接種搖菌,如果早上做PCR的話,下午就可以提質(zhì)粒,得到重組載體。 |
注意事項 |
1. 設(shè)計引物很關(guān)鍵。一般如果是定向克隆,用載體上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆(如單酶切或平末端連接),一條引物用載體,一條引物用目的基因上的,這樣就可以比較方便的鑒定了,而且錯誤概率很低。PCR條件的選擇接近最佳,同時挑取的菌體不宜太多,否則會有非特異性擴增。
2. 使用的引物濃度不能太高,濃度過高會導(dǎo)致非特異性擴增,反應(yīng)的循環(huán)數(shù)也不能太多,一般不超過25個。同時因為擴增的片段的GC含量問題,有的GC含量很低,有的又很高,導(dǎo)致菌落PCR不容易擴增出目的條帶,在此建議在設(shè)置PCR程序時以高GC的溫度為上限,每一循環(huán)降0.2度左右。 |