醫(yī)生是一個(gè)又要看病,做手術(shù)又要熬夜看文獻(xiàn)寫標(biāo)書的苦逼職業(yè)。Dr.S深感同情,為了幫助將有限的精力主要放在臨床上的廣大醫(yī)生同志們能更好的做科研,Dr.S將會(huì)陸續(xù)的為大家分享一系列近年發(fā)表的高分SCI文章,解析其中的思路和套路,看一下優(yōu)秀的臨床科研是怎么做的,今天先從國內(nèi)發(fā)病量第一的肺癌說起。
今天分享的這篇文章是2017年剛發(fā)表的一篇Journal of the National Cancer Institute文章,題目是Association of Uba6-Specific-E2 (USE1) With Lung Tumorigenesis好簡單粗暴,真可謂藝高人膽大,因?yàn)闆]有完整的故事和大量的數(shù)據(jù)是會(huì)被審稿人抓小辮子的喲。所以建議各位看官在自己文章寫作的時(shí)候還是盡量按照“A基因通過B信號(hào)通路在C疾病中發(fā)揮D功能”的模式來,比較具體,不會(huì)被審稿人說題目太寬泛。
首先作者不知道從哪里找了一個(gè)基因USE1(Dr.S小貼士:一般這類新功能基因都是是樣本出發(fā)高通量篩選出來的或者通過數(shù)據(jù)庫挖掘出來的),發(fā)現(xiàn)這個(gè)基因的蛋白表達(dá)水平在肺癌組織中相對(duì)于正常組織顯著升高。而且它還有幾種突變型蛋白,也是癌組織里顯著升高的。但是mRNA水平卻變化不大,說明可能有轉(zhuǎn)錄后調(diào)控參與。
既然這個(gè)基因在肺癌里有臨床相關(guān)性,那這個(gè)基因有沒有功能呢?
把它干擾后細(xì)胞的體外增殖和轉(zhuǎn)移能力下降,且體內(nèi)成瘤能力也下降了。
再把它給過表達(dá)后發(fā)現(xiàn)結(jié)果完全逆轉(zhuǎn)了,充分說明這個(gè)基因在體內(nèi)外水平都是一個(gè)原癌基因。(Dr.S小貼士:其實(shí)干擾和過表達(dá)都能得到陽性結(jié)果還是比較困難的,可能需要多次重復(fù)實(shí)驗(yàn)不斷摸索最佳條件,不過為了發(fā)表高分文章還是建議雙向驗(yàn)證基因功能)
如果沒有追求的話做到這一步咱也能發(fā)文章了,但再咬牙努把力就能發(fā)10分的文章了,是不是心動(dòng)了,那我們下面咋做呢?找互作蛋白啊!
通過質(zhì)譜我們發(fā)現(xiàn)了什么——CDC20和CDH1啊,明星基因有木有,而且CDC20和CDH1還能夠形成APC/C復(fù)合物來降解帶有D-box的蛋白,巧了,USE1就有D-box結(jié)構(gòu)域。
一個(gè)有趣的故事就這么出現(xiàn)了。如果細(xì)胞中USE1發(fā)生突變,D-box區(qū)域結(jié)構(gòu)改變,那么其不容易被APC/C降解,積累的USE1能夠引起細(xì)胞異常增殖和侵襲轉(zhuǎn)移,促使肺癌發(fā)生。
美中不足的是作者沒有解釋野生型USE1高表達(dá)引起肺癌細(xì)胞異常增殖和侵襲轉(zhuǎn)移的機(jī)制,可能要發(fā)另一篇文章吧。
Dr.S解讀:
1. 本文的最大創(chuàng)新點(diǎn)在于作者研究了一個(gè)從來沒在肺癌里研究過功能的編碼基因USE1,首次報(bào)道了其在肺癌中的臨床相關(guān)性和功能。
2. 有一個(gè)新功能基因在手發(fā)幾分的文章由你說了算,想發(fā)高分文章,臨床樣本數(shù)和下游機(jī)制探討少不了。
3. 做機(jī)制其實(shí)也有竅門,用高通量方法(芯片或者蛋白質(zhì)譜)篩選下游通路或者互作蛋白往往事半功倍。
4. 編碼基因研究的好處在于相對(duì)于非編碼基因,其功能往往更強(qiáng),做功能實(shí)驗(yàn)更容易出陽性結(jié)果,一般人我不告訴他。
根據(jù)吉?jiǎng)P基因的經(jīng)驗(yàn),從樣本出發(fā)芯片,測序,質(zhì)譜方法高通量篩選新功能基因的概率大約在10%左右,想要篩選驗(yàn)證得到一個(gè)新功能基因的難度非常大。吉?jiǎng)P基因歷經(jīng)3年,斥資上億,已完成近6000個(gè)腫瘤相關(guān)基因的功能學(xué)篩選,從中找到明確的腫瘤功能標(biāo)志基因若干,等待您來尋寶~~~
長按加關(guān)注