如何處理對(duì)接時(shí)候的蛋白自帶小分子

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殷賦云平臺(tái)-分子對(duì)接方案，智能化預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)、多肽、核酸與小分子間的相互作用，識(shí)別文末二維碼了解更多！

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A：請(qǐng)教蛋白自帶好多小分子，對(duì)接的時(shí)候怎么處理呢?

殷賦科技：對(duì)接時(shí)并不需要這些小分子，其用途只有一個(gè)——幫助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一種情況例外，輔酶分子或類(lèi)似作用的分子應(yīng)當(dāng)保留在受體中，因?yàn)樗鼘⒆鳛槭荏w的一部分與配體產(chǎn)生相互作用。

A：有的還帶有金屬離子~ 是不是也應(yīng)該保留。

殷賦科技：看情況，跟配體有重要作用的保留，水分子也是。

 

B：請(qǐng)問(wèn)已經(jīng)篩選好小分子，想把這個(gè)小分子接到載體上，中間連一個(gè)間隔臂，這個(gè)間隔臂需要和小分子一起連上再一次與蛋白質(zhì)做對(duì)接嗎?

殷賦科技：先問(wèn)你，做對(duì)接的目的是什么?載體是這個(gè)蛋白嗎?Carrier-Linker-Ligand-Protein?

B：分子和蛋白對(duì)接，目的是定向固定化，分子得負(fù)載上載體，做定向吸附。載體不是蛋白，只是個(gè)樹(shù)脂之類(lèi)，類(lèi)似樹(shù)脂吸附酶。

殷賦科技：對(duì)接只是幫助你研究小分子與蛋白的相互作用，或者篩選小分子。既然已經(jīng)篩選好了，那就做實(shí)驗(yàn)得了。要研究小分子-蛋白的相互作用，就直接對(duì)接小分子與蛋白，間隔臂并不參與作用。

B：如果間隔臂鏈接小分子(即間隔臂分子和小分子合成在一起)對(duì)蛋白有作用呢?

殷賦科技：那就要接上，一起對(duì)接，你可以?xún)煞N情況都做，看看有什么區(qū)別。

 

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A：如果一個(gè)蛋白靶點(diǎn) 只有抗體，篩選小分子的時(shí)候，小分子是往口袋去跑，而不是蛋白與抗體作用的β折疊。這時(shí)候篩選的標(biāo)準(zhǔn)怎么搞?

殷賦科技：蛋白與抗體作用的β折疊，是指抗體上某個(gè)區(qū)域是個(gè)beta折疊，它跟蛋白有作用，你要篩選的分子不能作用在這里是嗎?

A：對(duì)的，因?yàn)檫@種“光滑”的區(qū)域 小分子基本不結(jié)合，小分子喜歡去有“溝洞“的地方。

殷賦科技：那就要看這個(gè)區(qū)域跟口袋什么關(guān)系了，這個(gè)嘛，當(dāng)然，你定義口袋在哪就對(duì)接在哪咯。

A：現(xiàn)在篩選小分子的時(shí)候，不知道怎么設(shè)定標(biāo)準(zhǔn)了。

殷賦科技：那就跟折疊區(qū)沒(méi)有關(guān)系。

A：這個(gè)口袋不能確定的吧?

殷賦科技：那你要先確定啊。

A：沒(méi)有陽(yáng)性化合物，怎么確定呢?

殷賦科技：沒(méi)有什么實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象實(shí)驗(yàn)信息可以給你提示嗎?如果什么都沒(méi)有，就只能軟件預(yù)測(cè)了，《如何確定對(duì)接口袋》。

A：研究只有抗體。我們本來(lái)想法是抗體作用位點(diǎn)。

殷賦科技：假如就是在那個(gè)位置，那就跟折疊區(qū)沒(méi)有關(guān)系了，對(duì)接時(shí)不用什么考慮折疊區(qū)的標(biāo)準(zhǔn)。

A：小分子在那個(gè)位置基本沒(méi)幾個(gè)有相互作用。

殷賦科技：沒(méi)有氫鍵是嗎?

A：有的。

殷賦科技：那可以嘛。

A：那個(gè)位置在膜內(nèi)，跨膜蛋白。

殷賦科技：那你不應(yīng)該對(duì)接這個(gè)位置啊，你得想盡一切辦法先確定口袋，所有可能的口袋都試試，然后做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

殷賦科技：用什么軟件，vina嗎?

A：對(duì)，也用MOE了，主要還是用 MOE。

殷賦科技：用dock6啊。

殷賦科技：moe用來(lái)初篩就好。

殷賦科技：你不會(huì)只算了這個(gè)分子吧?

A：幾千個(gè)。

殷賦科技：那就用dock6再篩。

A：主要是篩選的標(biāo)準(zhǔn)。

殷賦科技：篩選標(biāo)準(zhǔn)很難說(shuō)，初篩看打分就夠了。挑選1000個(gè)去算dock6，再挑100-200個(gè)人工分析。

A：那像這種口袋不確定的，只看打分嘛?

殷賦科技：這跟口袋沒(méi)有關(guān)系啊。

A：好。

殷賦科技：口袋你要盡可能的確定，不確定的就都做。

A：那我就去預(yù)測(cè)下。

殷賦科技：對(duì)于每個(gè)口袋，就這么對(duì)接、篩選。

A：那跨膜蛋白，膜外是不是好點(diǎn)。

殷賦科技：一般是作用在膜外，如果你覺(jué)得膜內(nèi)、跨膜也有可能，就都做，優(yōu)先測(cè)膜外的。

 

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A：想請(qǐng)問(wèn)下，用autodock對(duì)接，有硒代半胱氨酸怎么處理，顯示無(wú)法加電荷和識(shí)別。

B：共價(jià)對(duì)接還是非共價(jià)對(duì)接?

A：非共價(jià)對(duì)接。

B：粗糙一點(diǎn)，用標(biāo)準(zhǔn)的CYS進(jìn)行對(duì)接，然后取合適的pose，將CSY改成硒代的非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸，用力場(chǎng)進(jìn)行優(yōu)化。應(yīng)該不會(huì)有很大的不同。

A：我現(xiàn)在是嘗試著對(duì)接，確實(shí)之后還涉及到評(píng)價(jià)對(duì)接效果，我做得轉(zhuǎn)氨酶。

B：這個(gè)也不影響你評(píng)價(jià)結(jié)果。

 

C：在autodock, set map types 時(shí)，配體和受體不在一起，請(qǐng)問(wèn)大家是怎么調(diào)整的?

B：有個(gè)東西叫box，以及center與space來(lái)計(jì)算。

C：grid box是嗎?

B：對(duì)，他決定了在哪里搞grid。跟你的配體在沒(méi)在box里沒(méi)關(guān)系。

C：他們的相對(duì)位置不用考慮是嗎?

D：相對(duì)位置不用管，在對(duì)接的時(shí)候會(huì)將配體分子放置到盒子中去做構(gòu)象采集。

 

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A：請(qǐng)教各位大神，如果已知小分子有活性，但是受體上有很多已知的和潛在的未知作用位點(diǎn)，應(yīng)該怎么預(yù)測(cè)分子是結(jié)合在哪個(gè)位點(diǎn)呢?

B：怎么知道有活性的。

A：蛋白實(shí)驗(yàn)測(cè)出來(lái)的。

B：結(jié)合力嗎?

A：IC50。

C：直接做對(duì)接。

A：做了對(duì)接嘗試過(guò)，我覺(jué)得很難比較結(jié)果，幾個(gè)位點(diǎn)的打分相差不大。

D：多用幾個(gè)軟件，商業(yè)的，開(kāi)源的，有很多的。能用的都用上。再多挑幾個(gè)晶體試試。

E：養(yǎng)共晶，或者定點(diǎn)突變。

A：實(shí)驗(yàn)成本太大，所以想先通過(guò)模擬預(yù)測(cè)一個(gè)可靠的結(jié)果再用實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

E：定點(diǎn)突變也可以在模擬上做。