超微量紫外/熒光全功能分光光度計在RNA質控的應用
瀏覽次數(shù):5686 發(fā)布日期:2020-3-30
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RNA質控,我來幫你!
小編心里話:RNA質控是個技術活兒!
對于每天泡在實驗室的人來說,qPCR已是家常便飯。毫無疑問濃度高,純度好,片段完整,才是我們理想中的RNA樣品。然而,RNA總是嬌氣的存在!室溫或4度極易降解,提取的時候容易有污染物殘留。
因此完整的RNA質控包含了三個方面:濃度質控,純度質控,片段完整性質控。
如何把控RNA質量,繼續(xù)反轉錄呢?
有一款RNA質控的高手,既可以提供RNA濃度質控,也可以提供RNA純度質控,沒錯,就是美國Denovix公司獨家提供的DS-11FX超微量紫外/熒光全功能分光光度計,看上去酷酷的
RNA純度質控的標準方法是超微量分光光度計(光吸收)法,通過監(jiān)控A260/230和A260/280的比值來判定RNA的純度。通常A260/280的比值范圍在1.8-2.0之間,如果大于2.0則說明RNA已經降解,如果低于1.8則說明含有蛋白質或其他雜質;而A260/230的比值如果小于2,則表明RNA中含有酚類,鹽等雜質。DS-11FX的微量光度計功能可以幫助科研人員來準確的判定RNA樣品的純度。
下圖為RNA紫外法檢測示意圖,A260/280和A260/230都不在正常的比值范圍,說明RNA樣品純度很差,儀器會自動進行提示,兩個黃色小三角就是警示圖標哦,點擊萌萌的黃色三角警示,儀器會顯示污染物的種類,夠智能吧,這就是DS-11特有的SmartQC功能
圖1 總RNA的測量界面圖(美國DeNovix,DS-11FX)
RNA濃度質控的標準方法是熒光法,除非是純度很高的RNA也可以采用紫外法。熒光法采用RNA特異性染料,可以準確的測量RNA濃度。DS-11FX不但提供RNA濃度質控,也可以提供DNA和蛋白的濃度精確控制,功能超級強大哦。
dsDNA,RNA,ssDNA,Protein單獨的熒光檢測app
發(fā)表在Cell stem cell的文章PAX3 Confers Functional Heterogeneity in Skeletal Muscle Stem Cell Responses to Environmental Stress,作者提取衛(wèi)星細胞的總RNA,采用DS-11FX超微量/熒光全功能分光光度計進行RT-PCR之前的RNA的質量把控和濃度鑒定。
RNA片段完整性質控最常用的是核酸蛋白片段分析儀(Qsep系列毛細管電泳儀)
RNA樣本即使檢測到較高濃度,也不代表核酸片段就是完整的,因為碎碎的小片段也可以結合染料。不能只做濃度純度檢測,片段完整性也是評判樣本質量的關鍵點,RNA樣品的降解會是下游實驗失敗的一個重要原因。
自信滿滿的Qsep系列毛細管電泳儀不僅可以清晰地對28S/18S(或者23S/16S)進行電泳分離,還可以根據(jù)檢測出的片段分布情況給出
完整性評分值RQN,數(shù)值越接近10代表樣本完整性越好。除了峰圖,Qsep還可給出
28S:18S比值和DV200值作為參考,再輕微的降解也逃不過Qsep的火眼金睛。
綜上,DS-11FX紫外/熒光結合Qsep可以提供完美的RNA質控,國內大量著名高校及企業(yè)如北京大學,復旦大學,上海交大,浙江大學,中山大學,四川大學,諾禾,金域等等都開始采用領先的1+1RNA質控方案。質控新思路,歡迎您的加入。