小鼠表型組數(shù)據(jù)庫簡介

大家對于C57BL/6小鼠（俗稱B6）可能并不陌生。

但是，作為全球最常用的實驗室小鼠近交品系，C57BL/6小鼠其實還有許多不為人知的秘密！

您知道這一品系的雄性小鼠在接受5周的游泳訓(xùn)練后平均可以游591分鐘嗎？
 
您知道C57BL/6雄性和雌性小鼠會比其他品系自行攝入更多的乙醇（即酒精）嗎？
 

如果您未曾了解過，快來查看小鼠表型組數(shù)據(jù)庫吧 (Mouse Phenome Database, MPD)！這里的豐富信息可能對您的研究大有幫助。
 

小鼠表型組數(shù)據(jù)庫（Mouse Phenome Database，MPD）是由美國國立衛(wèi)生研究院資助并由杰克森實驗室維護(hù)的實驗小鼠品系特征的網(wǎng)站，是致力于促進(jìn)人類健康和疾病的轉(zhuǎn)化研究的免費生物信息學(xué)資源。

在MPD上，你可以找到多個品系實驗小鼠的基因型數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)、詳盡的數(shù)據(jù)采集方法以及在線數(shù)據(jù)分析工具。

 

https://phenome.jax.org 
  

帶您認(rèn)識MPD

MPD涵蓋了超過447個JAX不同小鼠品系的數(shù)據(jù)，其中包括46種最常用的近交系小鼠。

我們?yōu)檫@些品系中的每一種都準(zhǔn)備了全面的生理數(shù)據(jù)總結(jié)，匯總了研究人員最常關(guān)注的數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)也為幫助科學(xué)家選擇最合適的小鼠模型提供了參考。

這些生理數(shù)據(jù)總結(jié)可從各JAX小鼠的品系詳情頁面“疾病和表型”標(biāo)簽下獲取。
 
 

常用數(shù)據(jù)

體重
許多研究人員將體重作為小鼠健康狀況和總體狀況的基本指標(biāo)，有時甚至將其作為選擇最適合其研究目的的小鼠品系的標(biāo)準(zhǔn)。
 
血液學(xué)概況
了解血液的細(xì)胞組成可以幫助研究人員評估動物的健康狀況。這些概況包括：
▲ 白細(xì)胞 (White Blood Cell, WBC) 計數(shù)
▲ 紅細(xì)胞 (Red Blood Cell, RBC) 計數(shù)
▲ 血紅蛋白濃度
▲ 血細(xì)胞比容
▲ 平均紅細(xì)胞體積 (Mean Cell Volume, MCV)
▲ 平均細(xì)胞血紅蛋白濃度 (Mean Cell Hemoglobin Concentration, MCHC)
▲ 血小板計數(shù)
▲ 平均血小板體積 (Mean Platelet Volume, MPV)
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞計數(shù)
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞百分比
▲ 網(wǎng)織紅細(xì)胞血紅蛋白含量
▲ 中性粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞計數(shù)
▲ 中性粒細(xì)胞、淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞百分比
 
血清生化指標(biāo)
許多科學(xué)家使用血清生化指標(biāo)作為主要的健康指標(biāo)，并研究常見的疾病狀態(tài)。血清生化指標(biāo)數(shù)據(jù)包括：
▲ 白蛋白和總蛋白水平
▲ 血液尿素氮 (Blood Urea Nitrogen, BUN)
▲ 電解質(zhì)（鈣、磷）
▲ 脂質(zhì)水平（包括膽固醇、高密度脂蛋白膽固醇 (High Density Lipoprotein Cholesterol, HDLC)、甘油三酯和游離脂肪酸）
▲ 葡萄糖（飽腹）
▲ 丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶 (Alanine Transferase, ALT)，
▲ 肌酸激酶 (Creatine Kinase, CK)
▲ 甲狀腺素 (T4)
 
器官重量
▲ 腦
▲ 心臟
▲ 肝臟
▲ 腎臟
▲ 脾臟
▲ 其他
 
身體構(gòu)成（DEXA分析）
▲ 骨骼礦物質(zhì)密度
▲ 骨無機鹽含量
▲ 瘦肉組織
▲ 脂肪組織

免疫學(xué)特征（通過流式細(xì)胞術(shù)進(jìn)行脾臟分析）
▲ 淋巴樣細(xì)胞百分比（包括B 胞、T細(xì)胞、NK細(xì)胞和NKT細(xì)胞）
▲ 骨髓細(xì)胞百分比（粒細(xì)胞和單核細(xì)胞）
 

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您可以利用這些基線數(shù)據(jù)選擇合適的近交系、優(yōu)化實驗設(shè)計、減少不必要的預(yù)實驗，從而讓研究更加高效。
 
 

將不同品系進(jìn)行比較
 

不僅如此，MPD還提供一些工具來幫助您比較不同品系的數(shù)據(jù)。例如，如果您要測量特定因素誘導(dǎo)后出現(xiàn)的發(fā)熱情況，您可能需要使用基線體溫較低的品系。而在下圖的比較數(shù)據(jù)中，您可以快速發(fā)現(xiàn)C3H/HeJ或BALB/cJ可能是不錯的選擇。

 
上傳您的數(shù)據(jù)
 

MPD另一個有趣的功能是，您可以上傳自己的數(shù)據(jù)并將其與已發(fā)表的數(shù)據(jù)并行比較，還可以將結(jié)果導(dǎo)出到工作表中。例如，如果您正在測量特定品系對高脂飲食或特定感染的反應(yīng)，您可以下載各個相關(guān)數(shù)據(jù)并直接將其與您的數(shù)據(jù)進(jìn)行初步比較。
 

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無論您想知道您的小鼠愛吃甜食還是酗酒，在MPD中都可以找到基線數(shù)據(jù)。
 
如果您還在苦苦糾結(jié)如何選擇品系、預(yù)實驗?zāi)懿荒苁∪�，如何簡化實驗降低預(yù)算這些問題，快來MPD研究一下已有的數(shù)據(jù)吧！