小鼠基礎(chǔ)知識(shí)五：如何對(duì)小鼠進(jìn)行基因型鑒定

在基因工程小鼠的使用過(guò)程中，常常需要對(duì)小鼠進(jìn)行基因型鑒定，以確保實(shí)際使用的小鼠的基因型與預(yù)期一致。在本次的基礎(chǔ)知識(shí)系列里，J博士將幫助大家從三方面了解基因型鑒定：

▲ 什么時(shí)候需要進(jìn)行基因型鑒定
▲ 比較常用的基因型鑒定方法
▲ 基因型鑒定中的對(duì)照設(shè)置
 
   
新引進(jìn)的小鼠：
在訂購(gòu)的小鼠抵達(dá)設(shè)施后,建議第一時(shí)間對(duì)引進(jìn)小鼠進(jìn)行鑒定，以確保無(wú)誤。
繁育對(duì)：為保障子代基因型的正確性，建議對(duì)所有繁育對(duì)進(jìn)行鑒定。
子代小鼠：如果親本產(chǎn)生的后代僅有一種基因型（純合種群），在確保繁育對(duì)基因型的情況下，通常無(wú)需再對(duì)子代小鼠進(jìn)行鑒定；如果親本產(chǎn)生的后代有兩種及以上基因型（例如雜合子配雜合子），通常需要對(duì)子代進(jìn)行鑒定以明確個(gè)體的基因型。

例如Cre小鼠和Floxed小鼠配繁產(chǎn)生的后代小鼠會(huì)具有不同的基因型，因此通過(guò)基因型鑒定篩選符合實(shí)驗(yàn)要求的小鼠。
對(duì)于同時(shí)攜帶多種突變的小鼠品系，往往需要對(duì)不同突變基因進(jìn)行鑒定。
需要注意的是，并非所有品系的小鼠都能夠通過(guò)基因型鑒定的方法進(jìn)行確認(rèn)，例如近交系小鼠。因此，一方面需要從可靠的供應(yīng)商引進(jìn)小鼠，以確保品系無(wú)誤。另一方面在種群管理時(shí)也需要盡可能保證一個(gè)種群不被污染。
   
小鼠基因型鑒定所用的樣本，通常是從鼠尾或者鼠耳組織（也有可能是腳趾）提取的基因組。提取基因組的方法可以參考JAX常用方法：https://www.Jax.org/JAX-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping-resources/dna-isolation-protocols

得到基因組DNA后，再根據(jù)相應(yīng)的鑒定方法進(jìn)行鑒定。JAX®的絕大部分小鼠品系，均可在品系詳情頁(yè)上找到具體的鑒定方法。
 
以strain#: 003831為例，在進(jìn)入小鼠品系詳情頁(yè)面后，選擇Husbandry - genotyping protocol，即可查看該品系基因鑒定的方法(如下圖）。
 
  
該品系涉及兩個(gè)基因的突變，因此JAX提供了針對(duì)兩個(gè)基因鑒定的方法。與此同時(shí)，同一種基因也提供了兩種不同的鑒定方法，可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室實(shí)際情況或者需要獲得的信息進(jìn)行選擇（如下圖）。
   
常規(guī)PCR是最常見的鑒定方法。除此之外，JAX常用的鑒定方法還包括qPCR、探針/終點(diǎn)分析法、測(cè)序等。這些鑒定方法的詳細(xì)介紹可以參考【點(diǎn)此回顧：☞☞☞更高級(jí)的小鼠基因分型方法，別只會(huì)用瓊脂糖！】。這里我們將簡(jiǎn)單列舉上述鑒定方法的差異和應(yīng)用。
 

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基因型鑒定實(shí)驗(yàn)雖然簡(jiǎn)單，但也有可能出現(xiàn)各種意料之外的結(jié)果，尤其當(dāng)需要鑒定一個(gè)新品系的時(shí)候。從準(zhǔn)備樣品的角度，應(yīng)盡可能地設(shè)置完整的實(shí)驗(yàn)對(duì)照，以幫助我們盡早發(fā)現(xiàn)問(wèn)題、優(yōu)化實(shí)驗(yàn)。
 
基因型鑒定中常用的對(duì)照如下：

 
在具體的鑒定過(guò)程中，還有可能出現(xiàn)很多具體的問(wèn)題，例如目標(biāo)條帶缺失、出現(xiàn)假陽(yáng)性條帶或者非特異性條帶等等。這些問(wèn)題很多時(shí)候需要根據(jù)情況具體分析，難以一概而論。如果您遇到基因型鑒定相關(guān)的問(wèn)題，可以參考以下資料或通過(guò)郵件、電話與杰克森艾特技術(shù)支持聯(lián)系。
 
https://www.Jax.org/JAX-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping/troubleshooting