ToolBox在差異分析中火山圖上標(biāo)記基因并局部放大的方法

在差異分析中，我們有時會著重關(guān)注上調(diào)/下調(diào)差異基因，并會在火山圖上標(biāo)注感興趣的基因。借助SBC ToolBox在線繪圖工具，我們可以在火山圖上標(biāo)注基因，并將指定區(qū)域放大展示。

火山圖

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火山圖橫軸為log2FC，縱軸為顯著性p-value，紅色點代表顯著上調(diào)基因，藍色點代表顯著下調(diào)基因。

首先上傳畫圖數(shù)據(jù)，格式如下（需要有表頭）：

數(shù)據(jù)上傳完畢后，點擊“提交分析”，即可在“輸出結(jié)果展示”界面看到默認(rèn)參數(shù)下生成的圖片。在“參數(shù)調(diào)整設(shè)置”中可以對圖片進行自定義調(diào)整，例如點的顏色/大小/透明度、差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)、坐標(biāo)軸名稱、主題、界限顏色/寬度/類型。

將主題改為Bw，背景增加灰色網(wǎng)格線。修改界限類型為虛線，并將點放大，得到以下圖片：

進行基因標(biāo)注時，將一列GeneSymbol復(fù)制到“基因標(biāo)記”輸入框，即可完成標(biāo)注：

局部放大火山圖

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如果關(guān)注上調(diào)/下調(diào)差異基因，我們可以將該區(qū)域局部放大。例如要將上調(diào)基因區(qū)域放大，在“參數(shù)調(diào)整設(shè)置”中修改以下參數(shù)：

生成結(jié)果如下，右邊的上調(diào)基因區(qū)域被放大，圖中仍可進行基因標(biāo)注：

以上就是使用在線工具得到的繪圖結(jié)果。SBC ToolBox共有七十余個繪圖工具，目前還在持續(xù)更新中，注冊后即可免費繪制各種自定義圖片，快來看看吧。

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