OPGEN全基因組圖譜應(yīng)用系列——鞭蟲全基因組測(cè)序

鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導(dǎo)致人體慢性感染，對(duì)人類危害巨大。

鞭蟲的全基因組測(cè)序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發(fā)表在世界頂級(jí)期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對(duì)2種不同鞭蟲的全基因組、全轉(zhuǎn)錄組分析，鑒定出了許多鞭蟲繁殖期和生活期所特有的基因，以及與鞭蟲特有形態(tài)相關(guān)的基因信息。此外，通過對(duì)被鞭蟲感染動(dòng)物模型的RNA測(cè)序，也對(duì)鞭蟲慢性感染的TH1樣免疫反應(yīng)調(diào)控進(jìn)行了有史以來最詳細(xì)的分析。在模擬篩選中鑒定出了許多新的鞭蟲病潛在藥物靶點(diǎn)。這些研究的基礎(chǔ)，都得益于高質(zhì)量鞭蟲全基因組測(cè)序的完成，在這里面我們又一次看到了OPGEN全基因組圖譜系統(tǒng)的卓越表現(xiàn)。

鞭蟲的全基因組測(cè)序基本工作在Illumina平臺(tái)以及454平臺(tái)上完成。接下來，桑格研究院利用OpGen全基因組圖譜系統(tǒng)對(duì)鞭蟲測(cè)序骨架進(jìn)行了拼接和質(zhì)量提升，得到了最長(zhǎng)達(dá)17.5Mb的超級(jí)骨架。Scaffold N50從1.58Mb提高了3倍，達(dá)到4.83Mb。借助OpGen基因組圖譜，封閉的缺口總長(zhǎng)度達(dá)到4.5Mb，其中甚至包括了許多長(zhǎng)度超過10kb的缺口。

本研究的鞭蟲基因組以及相關(guān)功能數(shù)據(jù)將有助于更好的闡明寄生蟲、宿主之間發(fā)生相互關(guān)系的分子機(jī)制，對(duì)于鞭蟲的防治有著深遠(yuǎn)的意義。

關(guān)于OpGen全基因組圖譜技術(shù)
OpGen全基因組圖譜技術(shù)，利用全自動(dòng)、高通量的方法，能夠?qū)�DNA單分子進(jìn)行限制性內(nèi)切酶圖譜分析，并將DNA單分子圖譜組裝成染色體水平甚至基因組水平的圖譜，即全基因組圖譜。利用該圖譜，可以進(jìn)行基因組完成圖序列拼接、比較基因組分析、微生物菌株分型等研究。其成功應(yīng)用物種已超過300種，發(fā)表文獻(xiàn)超過180篇，包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等頂級(jí)期刊，證明了它無可比擬的可靠性和穩(wěn)定性。

OPGEN全基因組圖譜的部分典型應(yīng)用：
鴕鳥：Science , Complex evolutionary trajectories of sex chromosomes across bird taxa,
鞭蟲：Nature Genetics, Whipworm genome and dual-species transcriptome analyses provide molecular insights into an intimate host-parasite interaction
無油樟：Nature, Plant genomics: A genome conserved and a genome expanded
倉鼠：Nature Biotechnology, Genomic landscapes of Chinese hamster ovary cell lines as revealed by the Cricetulus griseus draft genome
絳蟲：Nature, The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism
家山羊：Nature Biotechnology, Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat
梅花：Nature Communications, The genome of Prunus mume

關(guān)于上海吉泰遠(yuǎn)成生物科技有限公司
自2010年起，上海吉泰遠(yuǎn)成生物科技有限公司成為OpGen公司中國(guó)區(qū)獨(dú)家代理商，全線代理OpGen的Argus™基因組光學(xué)圖譜系統(tǒng)。上海吉泰遠(yuǎn)成生物科技有限公司是一家專注于生命科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的高科技企業(yè)，是國(guó)內(nèi)代理銷售生物試劑、儀器并自主研發(fā)生產(chǎn)的知名公司。目前公司已建立起全國(guó)性銷售、信息、物流網(wǎng)絡(luò)，總部設(shè)在上海。

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