人機大戰(zhàn)(下)：NGS序列捕獲大比拼

空白在二代測序(NGS)過程中，構建基因文庫和目的序列捕獲富集是制約測序進程的瓶頸。上期我們介紹了針對于建庫工作的自動化解決方案，這里我們針對靶序列捕獲富集，提供自動化解決方案。

空白近幾年來，第二代測序逐漸向提高通量和降低費用的方向發(fā)展。為了節(jié)省分析時間，找到經(jīng)濟合算的方法，羅氏診斷開發(fā)了SeqCapEZ捕獲試劑盒，允許用戶富集所感興趣的區(qū)域或者全外顯子組。但是二代測序是一項非常耗時耗力的工作，常常要耗費專業(yè)的技術人員4天的工作時間來完成。而且測序過程中的一些重要的注意事項也要求技術人員在整個操作過程中要保持高度集中精力，比如捕獲目標序列，加熱試劑盒樣品，孵育時間的控制等。

空白受到這些限制，將序列捕獲自動化就成為大多數(shù)實驗室的需求。法國羅氏診斷公司與專業(yè)的自動化平臺生產(chǎn)商派瑪·迪格（PrimaDiag）公司合作，為羅氏NimbleGen外顯子捕獲測序產(chǎn)品提供自動化解決方案 — ACSIA NGS^capture自動化捕獲系統(tǒng)。ACSIA NGS^capture系統(tǒng)適用于羅氏NimbleGen SeqCap Enrichment System的所有測序產(chǎn)品。

空白ACSIA NGS^capture自動化捕獲系統(tǒng)使用PrimaDiag公司的創(chuàng)新專利技術APIM自動處理磁珠，控制溫度精準到0.1℃，震蕩速度從200到3000rpm可調，在磁珠捕獲和洗滌階段，自動完成加熱洗液、洗滌磁珠，孵育和震蕩的操作。

空白ACSIA NGS^capture系統(tǒng)使用靈活，易于操作，用戶可以根據(jù)需要定義樣本數(shù)。所有的液體參數(shù)都經(jīng)過精心優(yōu)化，使得建庫所使用的實際試劑消耗達到最小，而優(yōu)化的操作步驟也允許使用最少的槍頭數(shù)來完成整個建庫工作，大大節(jié)約試劑和耗材成本。例如使用羅氏的SeqCap EZ kit，做48個反應，ACSIA NGS^capture系統(tǒng)只需要3盒槍頭，而人工完成則需要9盒槍頭之多，是自動化操作使用數(shù)量的3倍。

空白羅氏NimbleGen的序列捕獲試劑盒已經(jīng)在ACSIA NGS^capture系統(tǒng)上進行了驗證，做了步驟優(yōu)化，預設了運行程序，因此，使用ACSIA NG^Scapture自動化平臺捕獲目的序列，只需要打開預設的方法，輸入樣本數(shù)，點擊OK就可以了。

空白比較ACSIA和人工捕獲效果，測序結果顯示通過兩種操作方式捕獲的18個基因覆蓋深度是相似的，ACSIA自動操作（藍色）捕獲的基因測序覆蓋深度甚至略好與人工操作（紅色）。見圖一。

空白ACSIA NGS^capture自動化捕獲系統(tǒng)，靈活簡單的操作，高質量的捕獲效果，真正實現(xiàn)輕松完成NGS實驗。