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如何快速查找LncRNA序列
瀏覽次數(shù):5817 發(fā)布日期:2018-11-28 來源:本站
僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負
查
找LncRNA序列的網(wǎng)站有很多,包括Genebank,Ensembl,RefSeq,UCSC數(shù)據(jù)庫等。今天,小編就給大家講講如何通過LncRNA ID號查找LncRNA的序列。
一.根據(jù)LncRNA來源數(shù)據(jù)庫,進入相應鏈接。
1. Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
二.根據(jù)“gene_id”查看LncRNA在所屬數(shù)據(jù)庫的ID號。
1. Genbank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
紅框內(nèi)輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為AK009210。
點擊FASTA鍵,復制獲取序列。
2. Ensmbl:http://asia.ensembl.org/index.html
選擇物種類別,詳見Report-Sequence_Results-Supplementary(可選項)。紅框內(nèi)輸入gene_id號,點擊GO。假設gene_id為ENSMUSG00000099021。
轉(zhuǎn)到Genbank,復制獲取序列。
3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
紅框內(nèi)輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為C630043F03Rik。
點擊FASTA,獲取序列信息。
4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜單選擇參考基因組,一般人類選擇hg19,鼠選擇mm10。
紅框內(nèi)輸入gene_id號,點擊search。假設gene_id為Ivns1abp,點擊go。
點擊下圖的紅框。
點擊下圖的紅框。
選擇mRNA,復制獲取序列信息。
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地址:上海市松江區(qū)莘磚公路518號20號樓3樓
電話:021-64878766
傳真:021-64878766
網(wǎng)址:
www.cloud-seq.com.cn
郵箱:market@cloud-seq.com.cn
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E-mail:
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