深藍云qPCR知識小課堂-SYBR Green染料法
TaqMan探針法因其良好的特異性以及可多重檢測而受到實驗人員的青睞，其實除了探針法外，還有很多好的實驗方法也被實驗人員廣泛認可，這次就介紹一下另一個應(yīng)用廣泛的方法：SYBR Green染料法，它又是因為哪些優(yōu)點獲得實驗人員的青睞呢？
染料法原理
染料法一般使用的是SYBR Green I染料，這是一種可以與雙鏈DNA小溝結(jié)合的熒光染料，其不會與單鏈DNA結(jié)合，且在游離狀態(tài)下幾乎無熒光，只有與雙鏈DNA結(jié)合才會發(fā)出熒光，因此將PCR擴增產(chǎn)生的雙鏈DNA數(shù)量與熒光強度直接關(guān)聯(lián)，產(chǎn)生實時監(jiān)測的效果。
SYBR Green染料法優(yōu)點
☑ 通用性好，適合進行大多數(shù)類型的定量反應(yīng)，可以進行熔解曲線的分析。
☑ 無需設(shè)計探針，引物設(shè)計相對簡單，不用考慮基團選擇，易于上手；成本低，無需合成探針。
☑ 無需PCR后處理，減少分析工作量并節(jié)省材料成本。
SYBR Green染料法缺點
SYBR Green染料法也有其缺點，SYBR Green染料法一個反應(yīng)只能檢測一個基因，無法進行二重甚至多重的實驗。同樣的相對于TaqMan探針法其特異性較差，當(dāng)引物存在二聚體或者非特異性擴增時，染料同樣可以結(jié)合并發(fā)出熒光，影響定量結(jié)果。因此對于SYBR Green染料法而言，設(shè)計一套好用的引物是重中之重。
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設(shè)計好引物后，我們該怎么進行實驗?zāi)兀?/span>
1.實驗條件的優(yōu)化
我們需要對設(shè)計的引物擴增效果進行分析，使用陽性模板進行擴增，確定擴增產(chǎn)物為單一條帶，且大小符合設(shè)計預(yù)期，如有條件可以對擴增產(chǎn)物進行測序，保證準確性。當(dāng)引物無問題后，進行反應(yīng)條件的探索，對退火溫度進行溫度梯度檢測，找到合適的退火溫度，即PCR擴增效果最好，陰性模板無擴增，條帶單一，熔解曲線單峰等。
2.預(yù)實驗
設(shè)計好引物并探索好實驗條件后，對樣本進行一次預(yù)實驗，預(yù)實驗將樣本進行梯度稀釋用以制作標準曲線，分析內(nèi)參基因以及目的基因的擴增效率是否接近且在100%左右，其次可確認高濃度模板中是否有抑制劑干擾，從而確定實驗時合適的模板濃度（樣本是否需要稀釋或濃縮）。
3.正式實驗
當(dāng)我們完成了實驗條件和預(yù)實驗后就可以進行正式實驗了，每個樣品都需要3個或以上的重復(fù)，保證結(jié)果的準確性。
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