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高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)展與展望

瀏覽次數(shù):1139 發(fā)布日期:2021-2-2  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)這幾年的發(fā)展之快,運(yùn)用之廣已眾所周知。為更好的在國內(nèi)推廣該技術(shù),也為更好的將該技術(shù)運(yùn)用到廣大科研工作者的實(shí)際工作中,上海生物芯片有限公司生物信息團(tuán)隊(duì)通過對該技術(shù)的整理和歸納,在《生命科學(xué)》雜志上發(fā)表了名為“高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)展與展望”綜述文章,希望能進(jìn)一步提升科研工作者對該技術(shù)的認(rèn)識和了解,以更好地將該技術(shù)發(fā)揚(yáng)光大。
 

本綜述通過對高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組檢測技術(shù)的發(fā)展進(jìn)展,檢測技術(shù)的特點(diǎn),數(shù)據(jù)分析方法等角度進(jìn)行綜述,并對目前存在的問題及將來可能的發(fā)展方向進(jìn)行了討論。

在第一部分,綜述對高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序平臺研究進(jìn)展進(jìn)行了整理,這里包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的基本實(shí)驗(yàn)流程,技術(shù)特點(diǎn),特別是現(xiàn)在商用比較廣泛的10X Genomics公司的微滴技術(shù)和DB的微孔技術(shù)進(jìn)行了詳細(xì)描述與技術(shù)對比。
 


高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序研究最重要的一個工作是對大數(shù)據(jù)的分析和數(shù)據(jù)挖掘,在第二部分,該綜述詳細(xì)介紹了單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的后續(xù)數(shù)據(jù)分析過程和常用分析方法。另外,針對單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的特點(diǎn),本文還重點(diǎn)闡述了細(xì)胞軌跡推演,細(xì)胞互作預(yù)測和功能富集幾種常見且具有代表性的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘高級分析內(nèi)容。



在第三部分,綜述重點(diǎn)對單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中的常見技術(shù)問題:樣本類型選擇、多細(xì)胞率、捕獲效率、罕見亞群缺失問題進(jìn)行了闡述,并根據(jù)最新的研究進(jìn)展,提出了可能的解決方案。從這里,我們也可以看到,雖然每種技術(shù)方法有各種不完美的地方,但是,現(xiàn)在對單細(xì)胞技術(shù)的廣泛關(guān)注,也使得這些存在的問題在一步步解決。

在隨后一部分,本綜述對單細(xì)胞技術(shù)的未來發(fā)展進(jìn)行了展望。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序用于lncRNA、外泌體檢測,用于降低成本的多樣本標(biāo)簽技術(shù),空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),三代測序用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)等進(jìn)行了展望。我們相信,在接下來的幾年中,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究會為科學(xué)研究帶來更多的成果和產(chǎn)出。

參考文獻(xiàn):高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)展與展望. 生命科學(xué), 2020, 32(12): 1280-1287.

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標(biāo)簽: 測序 SBC 生命科學(xué)
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