RNA m6A甲基化修飾在馬鈴薯/水稻/玉米/小麥等不同農作物中的研究進展
m6A是RNA上最豐富的一種修飾，平均每條轉錄本有1~3個m6A修飾。植物也有相應的m6A writers、readers、erasers系統(tǒng)。本期我們通過3篇RNA m6A甲基化修飾在農作物物中的研究成果來聚焦RNA甲基化在植物中的重要作用。
01 馬鈴薯+水稻：RNA去甲基化可以提高作物的產量和生物量
標題：RNA demethylation increases the yield and biomass of rice and potato plants in field trials （RNA去甲基化可以提高水稻和馬鈴薯的產量和生物量）
發(fā)表期刊：Nat Biotechnol
發(fā)表日期：2021年7月22日
影響因子：54.908
方法：田間試驗、根系形態(tài)分析、組織學分析、LC–MS/MS定量分析、MeRIP-seq測序分析、RNA-seq測序分析
摘要：
m6A是植物正常發(fā)育所必需的，在調控植物生長發(fā)育中起到重要作用。FTO是動物RNA去甲基化酶，具有調控發(fā)育的功能，在植物中沒有同源蛋白。本研究中，作者在糧食作物水稻和經濟作物馬鈴薯中引入FTO，實現(xiàn)針對RNA修飾m6A去甲基化。結果顯示在溫室環(huán)境中，RNA去甲基化酶FTO表達使水稻產量增加3倍以上。田間試驗結果顯示，F(xiàn)TO表達的水稻和馬鈴薯產量和生物量都顯著增加約50%。進一步研究發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)TO表達可顯著促進水稻根分生組織細胞增殖和分蘗牙形成，增強光合作用，并具有抗旱能力。但對成熟細胞大小、嫩莖分生組織細胞增殖、根直徑、株高或倍性沒有影響。FTO介導了植物RNA中大量的m6A去甲基化：poly(A) RNA中約7%去甲基化，非核糖體核RNA中m6A甲基化下調約35%。深入研究其分子機理發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)TO介導的m6A去甲基化可以促進染色質開放和激活轉錄，分別使葉片中約11000個基因和根里面約7000個基因表達上調，激活多個通路。這一結果也揭示染色質上RNA m6A甲基化對植物染色質狀態(tài)和基因表達的重要作用。因此植物RNA m6A甲基化調控對顯著改善植物生長和作物產量具有很好的應用前景。
材料方法：
分別從15日齡水培實驗的野生型WT（Nipp）、FTO 失活表達（FTOmut）、FTO 表達植物的等量（1g）嫩莖和根中提取分離Poly(A) RNA和加標對照（5pg），并進行m6A-MeRIP測序和轉錄組RNA-seq。
圖：FTO表達提高了水稻和馬鈴薯的產量和生物量
圖：水稻FTO介導的轉錄組范圍m6A去甲基化位點鑒定和分析
02 玉米：m6A甲基化的自然變異及其與翻譯狀態(tài)的關系
標題：Natural Variation in RNA m6A Methylation and Its Relationship with Translational Status（玉米中m6A甲基化的自然變異及其與翻譯狀態(tài)的關系）
發(fā)表期刊：Plant Physiology
發(fā)表日期：2020年01月
影響因子：8.343
方法：m6A MeRIP-seq、Polysome Profiling、RNA-seq、RT-qPCR
摘要：
m6A是真核mRNA最豐富的RNA修飾之一。盡管已有大量證據(jù)證明m6A能影響RNA在代謝方面的功能，但其對植物翻譯效率的轉錄后平衡的整體貢獻程度仍然未知。本研究中，作者對兩個玉米（Zea mays）自交系轉錄組范圍內的mRNA m6A分布進行MeRIP-seq和多聚體分析(polysome profiling)，以評估m(xù)6A修飾與翻譯狀態(tài)的整體相關性。m6A修飾位點廣泛分布在數(shù)千個蛋白編碼基因中，只有一個共有motif，主要在3'UTR區(qū)富集，且m6A修飾在調節(jié)可變多聚腺苷酸化（APA，alternative polyadenylation）中發(fā)揮作用。更重要的是作者鑒定出m6A修飾根據(jù)其強度和基因位置顯示了與翻譯狀態(tài)的多方面相關性。此外作者在m6A修飾中觀察到大量的種內變異，這是一種自然變異，被證明部分由基因特異性表達和可變剪接驅動�？傊@些發(fā)現(xiàn)為鑒定玉米中受m6A修飾調控的轉錄本提供了寶貴的資源，并為更好地理解m6A在介導基因表達調控中的自然變異鋪平了道路。
材料方法：
玉米（Zea mays）自交系B73和Mo17的種子用70%乙醇滅菌1分鐘，再用5%次氯酸鈉溶液滅菌5分鐘，用無菌水沖洗5次。將種子播種在含有蛭石和土壤混合物(1:1, v/v)的盆中，并在生長室中28℃光照環(huán)境16小時和25℃黑暗環(huán)境8小時循環(huán)生長14天。14天后，采集植物組織，立即在液氮中冷凍，并儲存在-80℃中，直至RNA提取和分離。
圖：玉米自交系B73中的m6A甲基化分布
圖：B73和Mo17之間m6A修飾的自然變異
03 小麥： m6A全轉錄組測序揭示RNA m6A甲基化在小麥抗RNA病毒感染中的潛在作用
標題：Transcriptome-Wide N6-Methyladenosine (m6A) Profiling of Susceptible and Resistant Wheat Varieties Reveals the Involvement of Variety-Specific m6A Modification Involved in Virus-Host Interaction Pathways（對敏感和抗病小麥品種的m6A全轉錄組測序分析揭示了病毒-宿主相互作用途徑中的品種特異性m6A修飾）
發(fā)表期刊：Front Microbiol
發(fā)表日期：2021年5月26日
影響因子：5.640
方法：m6A MeRIP-seq、RNA-seq、MeRIP-qPCR、RT-qPCR
摘要：
m6A甲基化是真核生物中mRNA、tRNA、miRNA和長鏈非編碼RNA轉錄后修飾中最常見的修飾。m6A甲基化已被證明與植物對病原體的抗性有關。然而，小麥（Triticum aestivum）m6A全轉錄組圖譜及其在小麥抗小麥黃花葉病毒（wheat yellow mosaic virus，WYMV）中的潛在生物學功能尚未見報道。本研究首次繪制兩個不同抗WYMV小麥品種的轉錄組m6A譜。通過分析m6A-seq數(shù)據(jù)，作者在WYMV感染的抗病小麥品種（WRV）和WYMV感染的敏感小麥品種（WSV）中鑒定了25752個共有m6A peaks和30582個共有m6A基因，peaks主要富集在編碼序列的3'UTR區(qū)和終止密碼子區(qū)。m6A-seq的GO分析和RNA-seq數(shù)據(jù)顯示，m6A和mRNA水平均發(fā)生顯著變化的基因與植物防御反應有關。KEGG分析顯示，這些基因在植物-病原體相互作用途徑中富集。作者通過MeRIP-qPCR和RT-qPCR進一步驗證了m6A和mRNA水平的變化。本研究證明m6A甲基化在小麥抗WYMV中的作用，為RNA m6A甲基化在小麥抗RNA病毒感染中的潛在功能作用奠定堅實基礎。
材料方法：
收集 30 株被 WYMV 感染或未感染的 yannong 999 和 yannong 24 小麥的恢復期植株。感染WYMV的yannong 24 小麥葉片出現(xiàn)典型的黃色花葉病癥狀，春季生長受阻，分蘗減少。感染WYMV的 yannong 999 植物表現(xiàn)出正常表型，無黃色花葉病癥狀。每個小麥植株組被平均分成三個混合樣本，儲存在−80°C，分別作為三個生物重復序列用于RNA提取、IP qPCR和m6A IP序列。
圖：m6A-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)的關聯(lián)分析
參考文獻：
DOI:10.1038/s41587-021-00982-9
DOI:10.1104/pp.19.00987
DOI:10.3389/fmicb.2021.656302
01 馬鈴薯+水稻：RNA去甲基化可以提高作物的產量和生物量
標題：RNA demethylation increases the yield and biomass of rice and potato plants in field trials （RNA去甲基化可以提高水稻和馬鈴薯的產量和生物量）
發(fā)表期刊：Nat Biotechnol
發(fā)表日期：2021年7月22日
影響因子：54.908
方法：田間試驗、根系形態(tài)分析、組織學分析、LC–MS/MS定量分析、MeRIP-seq測序分析、RNA-seq測序分析
摘要：
m6A是植物正常發(fā)育所必需的，在調控植物生長發(fā)育中起到重要作用。FTO是動物RNA去甲基化酶，具有調控發(fā)育的功能，在植物中沒有同源蛋白。本研究中，作者在糧食作物水稻和經濟作物馬鈴薯中引入FTO，實現(xiàn)針對RNA修飾m6A去甲基化。結果顯示在溫室環(huán)境中，RNA去甲基化酶FTO表達使水稻產量增加3倍以上。田間試驗結果顯示，F(xiàn)TO表達的水稻和馬鈴薯產量和生物量都顯著增加約50%。進一步研究發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)TO表達可顯著促進水稻根分生組織細胞增殖和分蘗牙形成，增強光合作用，并具有抗旱能力。但對成熟細胞大小、嫩莖分生組織細胞增殖、根直徑、株高或倍性沒有影響。FTO介導了植物RNA中大量的m6A去甲基化：poly(A) RNA中約7%去甲基化，非核糖體核RNA中m6A甲基化下調約35%。深入研究其分子機理發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)TO介導的m6A去甲基化可以促進染色質開放和激活轉錄，分別使葉片中約11000個基因和根里面約7000個基因表達上調，激活多個通路。這一結果也揭示染色質上RNA m6A甲基化對植物染色質狀態(tài)和基因表達的重要作用。因此植物RNA m6A甲基化調控對顯著改善植物生長和作物產量具有很好的應用前景。
材料方法：
分別從15日齡水培實驗的野生型WT（Nipp）、FTO 失活表達（FTOmut）、FTO 表達植物的等量（1g）嫩莖和根中提取分離Poly(A) RNA和加標對照（5pg），并進行m6A-MeRIP測序和轉錄組RNA-seq。
圖：FTO表達提高了水稻和馬鈴薯的產量和生物量
圖：水稻FTO介導的轉錄組范圍m6A去甲基化位點鑒定和分析
02 玉米：m6A甲基化的自然變異及其與翻譯狀態(tài)的關系
標題：Natural Variation in RNA m6A Methylation and Its Relationship with Translational Status（玉米中m6A甲基化的自然變異及其與翻譯狀態(tài)的關系）
發(fā)表期刊：Plant Physiology
發(fā)表日期：2020年01月
影響因子：8.343
方法：m6A MeRIP-seq、Polysome Profiling、RNA-seq、RT-qPCR
摘要：
m6A是真核mRNA最豐富的RNA修飾之一。盡管已有大量證據(jù)證明m6A能影響RNA在代謝方面的功能，但其對植物翻譯效率的轉錄后平衡的整體貢獻程度仍然未知。本研究中，作者對兩個玉米（Zea mays）自交系轉錄組范圍內的mRNA m6A分布進行MeRIP-seq和多聚體分析(polysome profiling)，以評估m(xù)6A修飾與翻譯狀態(tài)的整體相關性。m6A修飾位點廣泛分布在數(shù)千個蛋白編碼基因中，只有一個共有motif，主要在3'UTR區(qū)富集，且m6A修飾在調節(jié)可變多聚腺苷酸化（APA，alternative polyadenylation）中發(fā)揮作用。更重要的是作者鑒定出m6A修飾根據(jù)其強度和基因位置顯示了與翻譯狀態(tài)的多方面相關性。此外作者在m6A修飾中觀察到大量的種內變異，這是一種自然變異，被證明部分由基因特異性表達和可變剪接驅動�？傊@些發(fā)現(xiàn)為鑒定玉米中受m6A修飾調控的轉錄本提供了寶貴的資源，并為更好地理解m6A在介導基因表達調控中的自然變異鋪平了道路。
材料方法：
玉米（Zea mays）自交系B73和Mo17的種子用70%乙醇滅菌1分鐘，再用5%次氯酸鈉溶液滅菌5分鐘，用無菌水沖洗5次。將種子播種在含有蛭石和土壤混合物(1:1, v/v)的盆中，并在生長室中28℃光照環(huán)境16小時和25℃黑暗環(huán)境8小時循環(huán)生長14天。14天后，采集植物組織，立即在液氮中冷凍，并儲存在-80℃中，直至RNA提取和分離。
圖：玉米自交系B73中的m6A甲基化分布
圖：B73和Mo17之間m6A修飾的自然變異
03 小麥： m6A全轉錄組測序揭示RNA m6A甲基化在小麥抗RNA病毒感染中的潛在作用
標題：Transcriptome-Wide N6-Methyladenosine (m6A) Profiling of Susceptible and Resistant Wheat Varieties Reveals the Involvement of Variety-Specific m6A Modification Involved in Virus-Host Interaction Pathways（對敏感和抗病小麥品種的m6A全轉錄組測序分析揭示了病毒-宿主相互作用途徑中的品種特異性m6A修飾）
發(fā)表期刊：Front Microbiol
發(fā)表日期：2021年5月26日
影響因子：5.640
方法：m6A MeRIP-seq、RNA-seq、MeRIP-qPCR、RT-qPCR
摘要：
m6A甲基化是真核生物中mRNA、tRNA、miRNA和長鏈非編碼RNA轉錄后修飾中最常見的修飾。m6A甲基化已被證明與植物對病原體的抗性有關。然而，小麥（Triticum aestivum）m6A全轉錄組圖譜及其在小麥抗小麥黃花葉病毒（wheat yellow mosaic virus，WYMV）中的潛在生物學功能尚未見報道。本研究首次繪制兩個不同抗WYMV小麥品種的轉錄組m6A譜。通過分析m6A-seq數(shù)據(jù)，作者在WYMV感染的抗病小麥品種（WRV）和WYMV感染的敏感小麥品種（WSV）中鑒定了25752個共有m6A peaks和30582個共有m6A基因，peaks主要富集在編碼序列的3'UTR區(qū)和終止密碼子區(qū)。m6A-seq的GO分析和RNA-seq數(shù)據(jù)顯示，m6A和mRNA水平均發(fā)生顯著變化的基因與植物防御反應有關。KEGG分析顯示，這些基因在植物-病原體相互作用途徑中富集。作者通過MeRIP-qPCR和RT-qPCR進一步驗證了m6A和mRNA水平的變化。本研究證明m6A甲基化在小麥抗WYMV中的作用，為RNA m6A甲基化在小麥抗RNA病毒感染中的潛在功能作用奠定堅實基礎。
材料方法：
收集 30 株被 WYMV 感染或未感染的 yannong 999 和 yannong 24 小麥的恢復期植株。感染WYMV的yannong 24 小麥葉片出現(xiàn)典型的黃色花葉病癥狀，春季生長受阻，分蘗減少。感染WYMV的 yannong 999 植物表現(xiàn)出正常表型，無黃色花葉病癥狀。每個小麥植株組被平均分成三個混合樣本，儲存在−80°C，分別作為三個生物重復序列用于RNA提取、IP qPCR和m6A IP序列。
圖：兩個小麥品種的m6A甲基化圖譜和m6A peaks分析
圖：m6A-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)的關聯(lián)分析
參考文獻：
DOI:10.1038/s41587-021-00982-9
DOI:10.1104/pp.19.00987
DOI:10.3389/fmicb.2021.656302
