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游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發(fā)現(xiàn)常常以環(huán)狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為eccDNA 。
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環(huán)狀DNA簡介
游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發(fā)現(xiàn)常常以環(huán)狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為eccDNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也習(xí)慣將巨大的環(huán)狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環(huán)狀DNA稱為eccDNA。
傳統(tǒng)觀點(diǎn)認(rèn)為真核基因組通常形成穩(wěn)定的線性染色體。但最新的研究表明：無論是在正常體細(xì)胞還是癌細(xì)胞中，都存在大量染色體外環(huán)狀DNA。近日，Nature雜志上發(fā)表了顛覆性研究成果：在腫瘤中，主要的癌基因轉(zhuǎn)錄本是直接來自于環(huán)狀DNA的，而環(huán)狀DNA的染色質(zhì)是高度開放的，環(huán)狀DNA的癌基因能夠大量表達(dá)，同時缺乏絲粒，導(dǎo)致不遵照孟德爾定律進(jìn)行遺傳，這種特性使得環(huán)狀DNA是驅(qū)動腫瘤異質(zhì)性的重要機(jī)制。由此可見，由于其結(jié)構(gòu)和表達(dá)的特異性，環(huán)狀DNA可以影響細(xì)胞生命活動，促進(jìn)腫瘤細(xì)胞演進(jìn)和適應(yīng)性進(jìn)化，增加了基因組的可塑性和不穩(wěn)定性。目前，環(huán)狀DNA不僅僅可以作為一種新型特異的腫瘤標(biāo)志物，還在腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)理研究中發(fā)揮著重大的潛在價值�？梢灶A(yù)見的是，環(huán)狀DNA將迅速成為新的科研熱點(diǎn)，甚至?xí)䦟鹘y(tǒng)遺傳學(xué)和基因組學(xué)帶來革命性影響。
技術(shù)簡介
游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發(fā)現(xiàn)常常以環(huán)狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為環(huán)狀DNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也習(xí)慣將巨大的環(huán)狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA，而將相對較小的環(huán)狀DNA稱為eccDNA。
環(huán)狀DNA連登《Nature》《Cell》等頂級期刊，徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統(tǒng)認(rèn)知，成為了最具潛力的科研新熱點(diǎn)。云序生物環(huán)狀DNA甲基化測序技術(shù)基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點(diǎn)酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法，用核酸外切酶V消化以去除線性DNA。通過轉(zhuǎn)座酶打開環(huán)狀DNA的環(huán)形結(jié)構(gòu)，并在DNA片段的兩端加上接頭。通過Klenow酶修復(fù)轉(zhuǎn)座產(chǎn)物的末端缺口。通過溫和的酶轉(zhuǎn)化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U），后續(xù)進(jìn)行文庫構(gòu)建與高通量測序，從而獲得發(fā)生甲基化修飾的環(huán)狀DNA。該技術(shù)可以同時檢測環(huán)狀DNA和環(huán)狀DNA的甲基化修飾狀態(tài)，為環(huán)狀DNA的深入研究及新型分子標(biāo)志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
技術(shù)優(yōu)勢
一站式服務(wù)：
客戶只需提供血清血漿，云序生物為您完成環(huán)狀DNA富集，甲基化位點(diǎn)轉(zhuǎn)化，文庫制備，上機(jī)測序到數(shù)據(jù)分析整套服務(wù)流程。
一箭雙雕的結(jié)果：
同時檢測環(huán)狀DNA及其甲基化狀況，節(jié)約樣品，性價比高。
專業(yè)的生物信息學(xué)分析：
專業(yè)的生物信息學(xué)團(tuán)隊，開發(fā)了高效識別分析環(huán)狀DNA的算法，且能單堿基分辨甲基化修飾位點(diǎn)，滿足客戶的各類深入數(shù)據(jù)分析需求。
樣本要求
樣品類型：
血清血漿或其它體液樣品
樣品量：
血清血漿：>5 mL
樣品運(yùn)輸及保存：
EDTA抗凝，樣品干冰運(yùn)輸。勿用肝素管取樣（綠色蓋子抗凝管）。
數(shù)據(jù)分析
1.環(huán)狀DNA的識別及甲基化水平
2.環(huán)狀DNA的基因注釋
3.環(huán)狀DNA長度分布圖
4.環(huán)狀DNA甲基化水平統(tǒng)計
案例解析
案例1：孕婦血漿中胎兒環(huán)狀DNA 的特征是：呈甲基化狀態(tài)以及被清除
原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance
期刊：Clinical Chemistry 影響因子：8.322
近期，NIPT之父盧煜明教授團(tuán)隊開發(fā)了一種環(huán)狀DNA 甲基化分析的測序方案，通過對不同產(chǎn)后時間點(diǎn)的胎兒環(huán)狀DNA含量的評估，研究了胎兒環(huán)狀DNA的體外清除效率。作者還發(fā)現(xiàn)血漿中的胎兒 環(huán)狀DNA 與母體 環(huán)狀DNA 相比甲基化程度相對較低。此外，和胎兒線性DNA類似，胎兒環(huán)狀DNA在分娩后從母血中迅速清除�？傊�，該團(tuán)隊基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點(diǎn)酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法開發(fā)出了環(huán)狀DNA甲基化測序技術(shù)，并揭示了孕婦血漿中的胎兒環(huán)狀DNA甲基化狀況，為環(huán)狀DNA的深入研究及新型分子標(biāo)志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發(fā)現(xiàn)常常以環(huán)狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為eccDNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也習(xí)慣將巨大的環(huán)狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環(huán)狀DNA稱為eccDNA。
傳統(tǒng)觀點(diǎn)認(rèn)為真核基因組通常形成穩(wěn)定的線性染色體。但最新的研究表明：無論是在正常體細(xì)胞還是癌細(xì)胞中，都存在大量染色體外環(huán)狀DNA。近日，Nature雜志上發(fā)表了顛覆性研究成果：在腫瘤中，主要的癌基因轉(zhuǎn)錄本是直接來自于環(huán)狀DNA的，而環(huán)狀DNA的染色質(zhì)是高度開放的，環(huán)狀DNA的癌基因能夠大量表達(dá)，同時缺乏絲粒，導(dǎo)致不遵照孟德爾定律進(jìn)行遺傳，這種特性使得環(huán)狀DNA是驅(qū)動腫瘤異質(zhì)性的重要機(jī)制。由此可見，由于其結(jié)構(gòu)和表達(dá)的特異性，環(huán)狀DNA可以影響細(xì)胞生命活動，促進(jìn)腫瘤細(xì)胞演進(jìn)和適應(yīng)性進(jìn)化，增加了基因組的可塑性和不穩(wěn)定性。目前，環(huán)狀DNA不僅僅可以作為一種新型特異的腫瘤標(biāo)志物，還在腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)理研究中發(fā)揮著重大的潛在價值�？梢灶A(yù)見的是，環(huán)狀DNA將迅速成為新的科研熱點(diǎn)，甚至?xí)䦟鹘y(tǒng)遺傳學(xué)和基因組學(xué)帶來革命性影響。
技術(shù)簡介
游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被發(fā)現(xiàn)常常以環(huán)狀的形式存在，這種形式的DNA被稱為環(huán)狀DNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也習(xí)慣將巨大的環(huán)狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA，而將相對較小的環(huán)狀DNA稱為eccDNA。
環(huán)狀DNA連登《Nature》《Cell》等頂級期刊，徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統(tǒng)認(rèn)知，成為了最具潛力的科研新熱點(diǎn)。云序生物環(huán)狀DNA甲基化測序技術(shù)基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點(diǎn)酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法，用核酸外切酶V消化以去除線性DNA。通過轉(zhuǎn)座酶打開環(huán)狀DNA的環(huán)形結(jié)構(gòu)，并在DNA片段的兩端加上接頭。通過Klenow酶修復(fù)轉(zhuǎn)座產(chǎn)物的末端缺口。通過溫和的酶轉(zhuǎn)化法，將未甲基化的胞嘧啶（C）高效地轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U），后續(xù)進(jìn)行文庫構(gòu)建與高通量測序，從而獲得發(fā)生甲基化修飾的環(huán)狀DNA。該技術(shù)可以同時檢測環(huán)狀DNA和環(huán)狀DNA的甲基化修飾狀態(tài)，為環(huán)狀DNA的深入研究及新型分子標(biāo)志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
一站式服務(wù)：
客戶只需提供血清血漿，云序生物為您完成環(huán)狀DNA富集，甲基化位點(diǎn)轉(zhuǎn)化，文庫制備，上機(jī)測序到數(shù)據(jù)分析整套服務(wù)流程。
一箭雙雕的結(jié)果：
同時檢測環(huán)狀DNA及其甲基化狀況，節(jié)約樣品，性價比高。
專業(yè)的生物信息學(xué)分析：
專業(yè)的生物信息學(xué)團(tuán)隊，開發(fā)了高效識別分析環(huán)狀DNA的算法，且能單堿基分辨甲基化修飾位點(diǎn)，滿足客戶的各類深入數(shù)據(jù)分析需求。
樣本要求
樣品類型：
血清血漿或其它體液樣品
樣品量：
血清血漿：>5 mL
樣品運(yùn)輸及保存：
EDTA抗凝，樣品干冰運(yùn)輸。勿用肝素管取樣（綠色蓋子抗凝管）。
數(shù)據(jù)分析
1.環(huán)狀DNA的識別及甲基化水平
2.環(huán)狀DNA的基因注釋
3.環(huán)狀DNA長度分布圖
4.環(huán)狀DNA甲基化水平統(tǒng)計
案例解析
案例1：孕婦血漿中胎兒環(huán)狀DNA 的特征是：呈甲基化狀態(tài)以及被清除
原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance
期刊：Clinical Chemistry 影響因子：8.322
近期，NIPT之父盧煜明教授團(tuán)隊開發(fā)了一種環(huán)狀DNA 甲基化分析的測序方案，通過對不同產(chǎn)后時間點(diǎn)的胎兒環(huán)狀DNA含量的評估，研究了胎兒環(huán)狀DNA的體外清除效率。作者還發(fā)現(xiàn)血漿中的胎兒 環(huán)狀DNA 與母體 環(huán)狀DNA 相比甲基化程度相對較低。此外，和胎兒線性DNA類似，胎兒環(huán)狀DNA在分娩后從母血中迅速清除�？傊�，該團(tuán)隊基于轉(zhuǎn)座酶和m5C位點(diǎn)酶學(xué)轉(zhuǎn)化方法開發(fā)出了環(huán)狀DNA甲基化測序技術(shù)，并揭示了孕婦血漿中的胎兒環(huán)狀DNA甲基化狀況，為環(huán)狀DNA的深入研究及新型分子標(biāo)志物的開發(fā)提供了新的技術(shù)手段。
圖1：母體和胎兒來源的環(huán)狀DNA長度和甲基化分析
- 時空組學(xué)研究進(jìn)展（七）：單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的介紹
- 時空組學(xué)研究進(jìn)展（六）：單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)的介紹
- 國自然申請書中科學(xué)假設(shè)的結(jié)構(gòu)、深度及重要性介紹
- RRBS揭示中藥材DNA甲基化變化及花粉調(diào)控種子休眠的表觀遺傳機(jī)制
- 時空組學(xué)研究進(jìn)展（五）：單細(xì)胞表觀基因組測序技術(shù)、分析方法及應(yīng)用
- 時空組學(xué)研究進(jìn)展（四）：單細(xì)胞全基因組測序簡介
- ACE-seq助力開發(fā)EDD-5hmC檢測新技術(shù)用于疾病診斷研究中精準(zhǔn)定量
- 時空組學(xué)研究進(jìn)展（三）：單細(xì)胞RNA測序的應(yīng)用
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