單細胞全基因組甲基化測序

近年來，在腫瘤早篩和發(fā)育生物學(xué)研究領(lǐng)域，科學(xué)工作者對于 DNA 甲基化研究的關(guān)注度持續(xù)高漲。目前 DNA 甲基化的研究，大多數(shù)情況下依然是借助于亞硫酸氫鹽修飾，而該過程會引起 DNA 的大量損失。所以需要對該過程加以優(yōu)化以滿足 DNA 甲基化超微量研究的需求。伯豪生物通過大量的實驗測試，優(yōu)化了該過程， 現(xiàn)在已經(jīng)具備為客戶提供單細胞甲基化研究服務(wù)的能力。 結(jié)合單細胞的 RNA 測序（Smart-seq），可以從多個維度深入了解生物體發(fā)育和分化過程中基因表達的動態(tài)變化。

DNA 起始量要求低：超微量檢測，僅需個位數(shù)的細胞量；

生信分析：獲取信息量大、可精細化分析；

數(shù)據(jù)質(zhì)量：mapping ratio，冗余度等接近正常 WGBS 數(shù)據(jù)。

• 物種：人，大小鼠，其他物種需評估；
• 類型：細胞系、原代細胞、新鮮組織、凍存細胞；
• 數(shù)據(jù)量：PE 150bp, 15G；
• 保存運輸：單細胞樣本 0.2ml 低吸附管收集，液氮保存，干冰寄送（或聯(lián)系當(dāng)?shù)劁N售寄送保護液）。

• 腫瘤異質(zhì)性：揭示癌細胞的甲基化圖譜；
• 細胞分化：繪制細胞分化調(diào)控表觀圖譜；
• 免疫微環(huán)境：免疫細胞激化、分化等過程的表觀調(diào)控機制；
• 神經(jīng)科學(xué)：神經(jīng)細胞亞型分類、探究神經(jīng)相關(guān)疾病的分子機制。

▲所有基因不同功能區(qū)域的甲基化程度走勢分析

▲DNA 甲基化與 mRNA 表達的聯(lián)合分析

▲圈圖展示差異甲基化位點在不同染色體上的分布

題目：人原始生殖細胞的轉(zhuǎn)錄組和 DNA 甲基化譜

發(fā)表雜志：Cell

影響因子：31.398

發(fā)表單位：北京大學(xué)第三醫(yī)院

文章摘要：生殖細胞對于將遺傳信息從一代傳遞到下一代以及維持物種的延續(xù)至關(guān)重要。在這里，作者在單細胞和單堿基分辨率下分析了人類原始生殖細胞（PGCs）從遷移階段到性腺階段的轉(zhuǎn)錄組。人 PGC 顯示獨特的轉(zhuǎn)錄模式，涉及多能性基因和種系特異性基因的同時表達，其中一部分顯示發(fā)育階段特異性特征。此外，還同時分析了人類 PGCs 的 DNA 甲基化組，并發(fā)現(xiàn)其基因組的整體去甲基化。妊娠后大約 10 至 11 周，PGC 幾乎沒有任何 DNA 甲基化發(fā)生，男性和女性 PGC 中平均甲基化水平僅分別為 7.8% 和 6.0%。該工作為破譯生殖系復(fù)雜的表觀遺傳重編程奠定了基礎(chǔ)，旨在揭示受精卵母細胞的全能性。

▲人類 PGCs 顯示出整體的低甲基化模式

▲PGC 的甲基化程度有明顯的降低，同時 gene body 區(qū)的甲基化程度會輕微高于兩側(cè)的基因區(qū)間。

▲不同功能區(qū)域在不同時期的甲基化程度變化很大

原文出處：Guo F, Yan L, Guo H, et al. The transcriptome and DNA methylome landscapes of human primordial germ cells[J]. Cell, 2015, 161(6): 1437-1452.

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