English | 中文版 | 手機(jī)版 企業(yè)登錄 | 個(gè)人登錄 | 郵件訂閱
當(dāng)前位置 > 技術(shù)服務(wù) > 生物研發(fā)服務(wù)> 芯片與生物信息學(xué) > MicroRNA芯片數(shù)據(jù)分析服務(wù)
MicroRNA芯片數(shù)據(jù)分析服務(wù)
敏芯科技為您提供全面專(zhuān)業(yè)的miRNA芯片分析服務(wù)，包括差異miRNA篩選、聚類(lèi)分析、靶基因預(yù)測(cè)、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)、miRNA與靶基因互作網(wǎng)絡(luò)等分析
服務(wù)類(lèi)別：芯片與生物信息學(xué)總訪(fǎng)問(wèn)：6570
最后更新：2014-4-1半年訪(fǎng)問(wèn)：6
參考報(bào)價(jià)：021-31523052
立即詢(xún)價(jià) 電話(huà)咨詢(xún)
[發(fā)表評(píng)論] [本類(lèi)其他服務(wù)] [本類(lèi)其他服務(wù)商]
服務(wù)商： 上海敏芯信息科技有限公司 查看該公司所有服務(wù) >>
  • 服務(wù)介紹
  • 公司簡(jiǎn)介

 

MicroRNA芯片數(shù)據(jù)分析方案
 
 
一、差異microRNA篩選
 
      首先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理，信號(hào)值去除背景，然后進(jìn)行中值歸一化。均值倍數(shù)大于2且t-test p<0.05的被認(rèn)為是差異表達(dá)microRNA。
 
 
二、層次聚類(lèi)分析
 
     經(jīng)過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理、均一化后，篩選出來(lái)的差異表達(dá)microRNA表達(dá)值進(jìn)行microRNA和樣本雙向聚類(lèi)分析。
 
 
三、microRNA的功能、基因座分類(lèi)
 
     有一些MicroRNA在基因組中成簇（cluster）分布。這些microRNA同步轉(zhuǎn)錄。由于轉(zhuǎn)錄后成熟過(guò)程的調(diào)節(jié)各異，因此成簇的microRNA成熟體的表達(dá)量略有不同。通過(guò)對(duì)成簇microRNA的分析，可以在cluster的水平考察microRNA的差異表達(dá)情況。
 
       
四、 microRNA靶基因預(yù)測(cè)
 
     MicroRNA結(jié)合在靶基因的3’ UTR，下調(diào)靶基因（主要是蛋白水平）。我們自己開(kāi)發(fā)了基于targetscan預(yù)測(cè)算法平臺(tái)，可以對(duì)一些網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù)沒(méi)有提供預(yù)測(cè)的物種的microRNA靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)服務(wù)�；蚴且延形锓N的非3’UTR(如5’UTR)區(qū)域進(jìn)行預(yù)測(cè)。
 
 
4.1、非編碼區(qū)靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)
 
    非編碼區(qū)靶基因預(yù)測(cè)由miRanda等多個(gè)軟件分別進(jìn)行預(yù)測(cè),對(duì)于有些無(wú)法對(duì)應(yīng)的microRNA，則參考了miRGator軟件。我們一般取幾種軟件（PicTar、Target-Scan、miRanda等）預(yù)測(cè)結(jié)果的交集，即overlap部分。
 
 
4.2、編碼區(qū)靶基因預(yù)測(cè)
 
    編碼區(qū)也是microRNA的結(jié)合位點(diǎn)，很多文章有報(bào)道。
 
預(yù)測(cè)流程：
（1）   提取編碼區(qū)序列
（2）   多物種比對(duì)，尋找保守區(qū)段
（3）   下載miRanda和TargetScan軟件進(jìn)行靶位點(diǎn)預(yù)測(cè)
（4）   整理保守的靶位點(diǎn)，并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
 
 
五、microRNA轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析
 
     該項(xiàng)目用于研究MicroRNA的自我調(diào)控機(jī)制。對(duì)于差異表達(dá)microRNA，一般提取轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游4500bp，下游500bp，通過(guò)PWM等算法來(lái)尋找轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。
 
 
六、microRNA與轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
  
     對(duì)于一些轉(zhuǎn)錄因子，本身可以結(jié)合在microRNA的啟動(dòng)子區(qū)域，調(diào)控microRNA。而該microRNA同時(shí)又可能也結(jié)合在轉(zhuǎn)錄因子的3’ UTR下調(diào)該轉(zhuǎn)錄因子。這本身就是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)。方法是靶基因預(yù)測(cè)與啟動(dòng)子分析進(jìn)行綜合分析。
 
 
七、microRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
  
    我們通過(guò)整合microRNA與靶基因之間的調(diào)控， microRNA靶基因之間的蛋白-蛋白相互作用。該網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，可以在全局的水平上直觀的反應(yīng)基因之間的相互關(guān)系，同時(shí)反映了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定性。網(wǎng) 
 
 
八、靶基因Gene Ontology分析
  
     在基因表達(dá)譜分析中，GO常用于提供基因功能分類(lèi)標(biāo)簽和基因功能研究的背景知識(shí)。利用GO的知識(shí)體系和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，旨在發(fā)掘與基因差異表達(dá)現(xiàn)象關(guān)聯(lián)的單個(gè)特征基因功能類(lèi)或多個(gè)特征功能類(lèi)的組合。
 
 
九、靶基因pathway分析
 
     我們將靶基因基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway數(shù)據(jù)庫(kù)映射，并統(tǒng)計(jì)基因在每個(gè)pathway中的富集程度（enrichment p-value）：
 
 
十、差異microRNA調(diào)解效應(yīng)評(píng)分分析
 
     同時(shí)結(jié)合microRNA芯片數(shù)據(jù)和cDNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行microRNA的調(diào)解效應(yīng)評(píng)分分析（RE-scores）。
 
 
 
 
 
 

歡迎訪(fǎng)問(wèn)公司網(wǎng)站查看相關(guān)信息：www.sensichip.com.cn

bio-equip.com
售后服務(wù)
快速詢(xún)價(jià) 請(qǐng) 登錄 或 注冊(cè)在線(xiàn)詢(xún)價(jià)　(請(qǐng)留下您的聯(lián)系方式，以便供應(yīng)商聯(lián)系您)
* 姓 　名：
* 地　 區(qū)：
* 單　 位：
職　 位：
* 手機(jī)/電話(huà)：
* E-mail：
請(qǐng)寄產(chǎn)品資料：
 需要 不需要
請(qǐng)報(bào)價(jià)格：
 需要報(bào)價(jià) 不需要報(bào)價(jià)
留 　言：
驗(yàn)證碼：
 換一張
發(fā)表評(píng)論在線(xiàn)評(píng)論（0條）
您最近瀏覽過(guò)的服務(wù)
關(guān)于我們 | 法律聲明 | 廣告報(bào)價(jià) | English | 網(wǎng)站地圖
Copyright(C) 1998-2025 生物器材網(wǎng) 電話(huà)：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com
立即詢(xún)價(jià)