PEAKS Studio最新軟件操作速覽詳解

• 在Project樹查看在該分析項目中所有的Analysis結果節(jié)點。每一個analysis可以折疊/展開，名稱可以通過右鍵單擊anaylsis這一層次來更改，另外analysis也可以被刪除。在analysis的下一層次中，可以通過雙擊查看在該analysis下應用PEAKS不同的功能而產生的結果節(jié)點（如Data Refine，De Novo，DB search等）以及結果導出的節(jié)點。
• 菜單和工具欄包含所有的分析工具和功能圖標。通過切換頂端的標簽，可分別進入Projects，Configurations，Tools和Help。在Projects標簽下，可以打開/關閉Project，也可以在當前的project中新建Analysis或者修改Analysis。
• 可以通過雙擊Project中的結果節(jié)點來打開該節(jié)點。打開的結果節(jié)點顯示在選項卡中。
• 每個打開的結果節(jié)點提供幾個不同的“view” 標簽。“Summary View”顯示結果統(tǒng)計信息。Protein ，Peptide，Glycopeptide，De novo only和Feature等視圖，提供數據結果的所有細節(jié)。
• Information一欄顯示節(jié)點屬性、運行任務進度等有用信息。

• 可以通過單擊FDR按鈕設置目標肽譜匹配的-10lgP閾值或目標FDR（錯誤發(fā)現率）來過濾掉鑒定結果中的低分肽。
• 通過設置目標蛋白的-10lgP的評分和特定目標肽段的計數來過濾掉鑒定結果中的低評分蛋白質。
• De Novo Only肽指的是未被數據庫搜索算法識別的具有可信的De Novo序列標簽的肽。要報告De Novo Only肽，ALC（平均局部置信度）評分必須等于或優(yōu)于指定的閾值。同時，頻譜的最佳數據庫搜索結果的分數不應大于指定的 -10lgP 閾值。
• 默認情況下，用于De Novo Only的-10logP閾值被鎖定為與用于篩選肽的-10lgP閾值相同。要指定其他值，只需單擊鎖定圖標即可解鎖篩選程序。

• “Feature View”包含通過篩選程序的所有可檢測特征的列表。每個feature都將列出與其關聯(lián)的所有 MS/MS 掃描。
• “Protein View”包含通過篩選程序鑒定的蛋白質列表。用同一組（或肽的子集）鑒定的蛋白質被分組在一起。
• “Peptide View”顯示通過篩選程序鑒定的所有肽。鑒定相同肽序列的多個光譜被分組在一起。
• “De Novo Only View”顯示了僅通過De Novo測序鑒定出的所有肽
• “LC/MS View”將LC-MS數據顯示為熱圖，突出顯示 MS/MS 掃描和檢測到的特征。

• “coverage/outline”選項可以顯示或移除肽條。
• “sequence display option”可以通過快速顯示或在項目設置期間選擇的酶選項來突出顯示覆蓋圖。
• “de novo tags sharing”指定De Novo Only序列與蛋白質之間連續(xù)氨基酸匹配的最小數量，然后才能顯示為灰色條。
• “de novo peptides fully matched”復選框允許在序列（無論其長度如何）與蛋白質中的序列完全匹配時顯示從頭肽。
• “minimum ion intensity”指定在PTM位置被視為置信并顯示在蛋白質序列頂部之前，其中一個MS/MS譜圖中的最小碎片離子相對強度。
• PTM列表中的復選框允許用戶查看結果中具有特定PTM的肽。單擊彩色框可更改顏色。雙擊PTM名稱以查看PTM詳細信息。

將出現一個窗口，允許用戶指定所需的分析搜索參數。PEAKS DB的大多數搜索選項都是標準且直接的。下面提供了更多詳細信息：

01.如果在項目創(chuàng)建步驟中為每個樣品指定了蛋白水解酶，用戶可以選擇使用每個樣品中已指定的酶。這使得在單個項目和單個搜索中使用多種酶成為可能。
02.指定樣本中預期的固定PTM和一些常見的可變PTM。
03.選擇蛋白質序列數據庫，或復制并粘貼蛋白質序列以進行數據庫搜索。用戶還可以選擇要包含在數據庫搜索中的污染物數據庫（可選）。

04.使用相同的參數進行從頭測序，或基于現有的De Novo測序結果節(jié)點進行搜索。
05.使用誘餌融合方法估計錯誤發(fā)現率（FDR）。

• 誘餌融合是一種增強的目標誘餌方法，用于使用 FDR 驗證結果。誘餌聚變將誘餌序列附加到每個蛋白質作為搜索的“陰性對照”。有關更多詳細信息，請參閱 BSI 的網絡教程。

06.在PEAKS DB數據庫搜索完成后啟用PEAKS PTM和SPIDER算法。

• 默認情況下，PEAKS PTM將執(zhí)行額外的PTM搜索，該搜索會考慮Unimod的所有313個自然發(fā)生的修改。用戶可以通過單擊“高級設置”按鈕來指定他們希望用于其他PEAKS PTM搜索的PTM的自定義列表。
• SPIDER基于De Novo測序標簽進行同源搜索。如果選擇，SPIDER算法將在每個置信度的De Novo標簽（ALC>15%）上進行，這些標簽的頻譜未被PEAKS DB以高置信度（-10lgP < 30）識別。SPIDER將通過改變數據庫肽的氨基酸來構建新的肽序列。對于每個譜圖，由SPIDER構建或由PEAKS DB發(fā)現的更好的序列將用作鑒定的肽。SPIDER適用于跨物種搜索和查找蛋白質的點突變�？梢酝ㄟ^此工作流調用SPIDER，也可以通過單擊工具欄中的SPIDER圖標來調用。
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