舉例分享對黑膠蟲樣本進行DNA測序鑒定其為細菌的依據(jù)
黑膠蟲污染是一個老生常談的話題。目前，科研界對黑膠蟲的污染特征沒有統(tǒng)一的判定標準，通常污染特征總結(jié)有：
1）活躍游動、旋轉(zhuǎn)梭動或原地顫動
2）呈桿狀、球狀、卵圓狀；
3）培養(yǎng)基不渾濁；
4）復蘇或傳代時往往會出現(xiàn)黑膠蟲污染，并且與細胞呈現(xiàn)此消彼長的現(xiàn)象。
我們對多個黑膠蟲樣本進行測序鑒定，這里舉兩個典型鑒定結(jié)果給大家分享：
圖1 Sphingomonas（鞘氨醇單胞菌）單個及菌落圖
| 屬名 | 樣本2，15，21，27鑒定為Sphingomonas sp.（鞘氨醇單胞菌屬） |
| 能否游動 | 以單側(cè)生極性鞭毛運動 |
| 類別 | G-菌 |
| 形狀 | 桿狀；菌落為黃色 |
| 大小 | 0.3-0.8 * 1.0-2.7µm |
| 特點 | 該菌屬至今共有12個種，是一類豐富的新型微生物資源，可用于芳香化合物的生物降解，在環(huán)境保護及工業(yè)生產(chǎn)方面具有巨大的應用潛力 |
| 分布范圍 | 河水、根際、地表及深層的地下的沉積物、海洋，甚至極地土壤中都有它們的蹤跡 |
圖2 Brevundimonas vesicularis（泡囊假單胞菌）單個及菌落圖
| 屬名 | 樣本4，19鑒定為Brevundimonas vesicularis（泡囊假單胞菌）屬于Brevundimonas sp.（短波單胞菌屬） |
| 類別 | G-菌 |
| 形狀 | 桿狀；菌落為圓形，凸起，表面濕潤光滑，邊緣整齊 |
| 大小 | 0.4-0.5X 1-2μm |
| 代表種 | 泡囊短波單胞菌是一種較罕見的非發(fā)酵性病原性假單胞菌，在人體可引起肺炎、敗血癥、皮膚炎癥和壞死性蜂窩織炎等 |
| 分布范圍 | 通常存在于土壤、河流等自然界中 |
這些黑膠蟲樣本被鑒定為細菌。另外我們也查閱了大批文獻，十幾年前就有人做了相關(guān)研究，很多都鑒定為細菌，例如以下這篇[1]：
圖3 客戶文獻截圖
這篇文章講述的是，首先從黑膠蟲污染細胞樣本中分離得到黑膠蟲，然后從黑膠蟲中提取基因組DNA進行基因測序及分析，鑒定出的黑膠蟲為無色桿菌屬(Achromobacter)。
細菌已經(jīng)在地球上存在三十多萬年了，具有不同的形狀，根據(jù)形狀主要分為三類，即：球菌、桿菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺桿菌）（圖4）。鞭毛是著生在細菌表面的絲狀運動器官。由于鞭毛很細，只有用特殊的染色法，才能用光學顯微鏡觀察到。直徑12～25nm，長3～12μm，柔軟、波形（圖5）。
圖4 細菌模式圖和細菌形狀分類
 圖5 細菌鞭毛分布圖 |
單生（一根鞭毛著生于一端） 雙生（兩根鞭毛分別著生于兩端） 單叢生（一叢鞭毛著生于一端） 雙叢生（兩叢鞭毛分別著生于兩端） 周生（多根鞭毛遍布于菌體上） |
鞭毛有三種運動方式：在液體中泳動，在固體表面上滑行，在液體中旋轉(zhuǎn)梭動。所以難怪，我們看到的黑膠蟲不是在液體中活躍游動，就是在液體中旋轉(zhuǎn)梭動，這就和黑膠蟲被鑒定為細菌的結(jié)果相吻合了。
