動植物基因組從頭測序

動植物基因組de novo測序的主要策略：一是對短片段Shotgun文庫（300-1000 bp）進(jìn)行深度測序，確保序列覆蓋度和測序準(zhǔn)確性，獲得基因組基本序列信息；二是構(gòu)建較長插入片度的mate pair文庫（3kb、8 kb、10 kb、20 kb）并測序，確定短片段序列間的相對位置，通過拼接組裝獲得基因組序列框架；三是通過PCR擴(kuò)增技術(shù)獲得序列間斷開部分（gap）DNA片段并進(jìn)行一代測序，從而獲得完整基因組序列。在此基礎(chǔ)上通過生物信息學(xué)方法進(jìn)行基因注釋和分析。

推薦平臺：Roche 454 FLX+數(shù)據(jù)為主，結(jié)合Illumina HiSeq 2000和ABI 3730XL 數(shù)據(jù)。

1、 DNA樣品：濃度≥200 ng/μl，總量≥500 μg，OD260/280值應(yīng)在1.8-2.0之間，電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整，主帶應(yīng)在100 kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留， 對打斷DNA樣品帶來非常大的困難，且很難去除，因此特別要求所提供的樣品一定要將多糖或糖蛋白去除干凈。

2、 動物樣品：樣品最好來自純系，對于一般物種應(yīng)挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣，對于珍貴物種請?zhí)峁┒鷺�、毛發(fā)（帶毛根）等脂肪含量較少的組織進(jìn)行取樣。為了減少個體差異對后續(xù)拼接產(chǎn)生的影響，盡量從同一個個體中取樣。若物種體積較小，從一個個體中提取的DNA量不能滿足測序?qū)嶒炈�需，在保證量的前提下，應(yīng)盡量減少采樣個體的數(shù)量。

3、 植物樣品：樣品最好來自純合體或單倍體。需為黑暗無菌條件下培養(yǎng)的黃化苗或組織樣品。

派森諾生物擁有多個先進(jìn)的測序平臺，根據(jù)合作伙伴的具體需求，設(shè)計最佳的實驗方案，提供最高效的全基因組de novo測序服務(wù)。Roche 454 FLX+具有長讀長的特點，適合動植物的全基因組測序，結(jié)合Illumina和ABI 3730測序平臺，能夠針對各種基因組搭配出最合適的測序流程。

派森諾生物擁有經(jīng)驗豐富的技術(shù)人員以及成熟的數(shù)據(jù)處理和信息分析系統(tǒng)，能在第一時間提供專業(yè)、合理、高性價比的測序服務(wù)。

案例：

 動物基因組測序