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生物研發(fā)服務(wù)

CHIP-seq技術(shù)

ChIP-Seq序列與參考基因組序列的比對，Peak Calling，Peak Annotation，Motif預(yù)測、基因集分析，全基因組范圍的峰值分布，基因組水平和感興趣區(qū)域的數(shù)據(jù)可視化。

服務(wù)類別：	測序/合成	總訪問：	1794
最后更新：	2013-9-3	半年訪問：	2
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服務(wù)商：上海派森諾生物科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

簡介：染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA 相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP 與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq 技術(shù)，能夠高效地檢測全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。 ChIP-Seq 的原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA 片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA 片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA 區(qū)段信息。

二、信息分析

1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估

2.ChIP-Seq序列與參考基因組序列的比對

3.Peak Calling（統(tǒng)計每個樣品的Peak片段信息）

4.Peak Annotation（根據(jù)已有的基因組數(shù)據(jù)庫注釋信息獲得所有Peak位點信息）

5.Motif預(yù)測、基因集分析。

6.全基因組范圍的峰值分布

7.基因組水平和感興趣區(qū)域的數(shù)據(jù)可視化。

三、送樣要求

1.樣品質(zhì)量要求：ChIP DNA OD260/280應(yīng)在1.8至2.0之間。DNA片段大小在100~500bp范圍內(nèi)，主帶明顯，建議在250bp左右，同時請?zhí)峁〥NA打斷時的檢測膠圖。樣品最好經(jīng)過ChIP-PCR驗證。

2.樣品濃度要求：樣品量≥60ng（3次），濃度≥200pg/ ul。若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起。

3.樣品包裝：樣品溶于超純水中，放于DNase-free的1.5ml離心管中，管口用封口膜封號。請在樣品管上做好清楚的標(biāo)識，最好寫在標(biāo)簽紙上，貼在管壁。

4.請仔細填寫樣品信息表，并且請同時提供質(zhì)量檢測相關(guān)數(shù)據(jù)和圖片，包括分光光度、電泳膠圖或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)等。同樣品一起送樣。

5.樣品運輸：DNA樣品請用干冰或者冰袋運輸。干冰運輸時間不要超過72小時；冰袋運輸，時間最好不要超過24小時。

四、應(yīng)用領(lǐng)域

由于ChIP-Seq 的數(shù)據(jù)是DNA 測序的結(jié)果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：

1.判斷 DNA 鏈的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾；

2.檢測 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點的精確定位；

3.研究組蛋白共價修飾與基因表達的關(guān)系；

4.CTCF 轉(zhuǎn)錄因子研究。

上海派森諾生物科技有限公司（以下簡稱“派森諾生物”）成立于2011年4月，公司總部位于上海市徐匯區(qū)，是在已有DNA一代測序合成平臺基礎(chǔ)上，以上海交通大學(xué)等海內(nèi)外高等學(xué)校和科研院所的專家教授團隊為技術(shù)依托，吸納了多名基因組學(xué)和生物信息學(xué)高級專業(yè)技術(shù)人員加盟組成的高科技生物技術(shù)公司。

公司之所以取名派森諾生物（Personalbio）是這樣考慮的：首先，人類基因組計劃實施和完成，全面開啟了生命科學(xué)新紀(jì)元，其正帶動著生物科學(xué)研究和應(yīng)用進入個性化時代；其次，測序技術(shù)的飛速發(fā)展，以測序中心獨攬?zhí)煜碌木置嬉矊⒈灰詫嶒炇覟閱挝粋€性化形式所打破和取代。另外，由于生物種類和客戶需求目標(biāo)的多樣性，要求有針對性、個性化的專業(yè)服務(wù)。

派森諾生物緊緊跟蹤全球測序技術(shù)發(fā)展步伐，2011年率先引進了亞太區(qū)第一臺羅氏升級版測序平臺（Roche 454 FLX+ system）和中國第一臺Illumina新一代個人化測序平臺（Illumina MiSeq^TM），目前擁有Illumina HiSeq^TM2000、Illumina MiSeq^TM和Roche 454 FLX+三大高通量測序平臺，確保了對不同類型、不同物種的測序需要。

派森諾生物擁有一支實力雄厚的序列測定和信息分析團隊，在為合作伙伴提供標(biāo)準(zhǔn)化信息分析服務(wù)的基礎(chǔ)上，將根據(jù)客戶需要提供個性化的數(shù)據(jù)分析與培訓(xùn)。派森諾生物承諾，將為廣大合作伙伴提供三大免費服務(wù)：免費設(shè)計科學(xué)合理的實驗方案、免費提供常規(guī)生物信息分析和免費修改潤色英文文稿。

派森諾生物始終以“解析序列，詮釋生命”作為企業(yè)理念，秉承“立足客戶需要，滿足個性需求”的服務(wù)宗旨，專業(yè)提供動植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、RNA測序、簡化基因組及外顯子捕獲等技術(shù)服務(wù)。

目前公司合作伙伴遍布全國，包括中國科學(xué)院、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、上海交通大學(xué)、華東理工大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京大學(xué)、瑞金醫(yī)院、新華醫(yī)院、國家海洋局第一海洋研究所、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、上海海洋大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、重慶市畜牧科學(xué)院、揚州大學(xué)等，已經(jīng)完成和正在進行多項國家和省市重大或重點科研項目，受到合作伙伴的認(rèn)同和好評。

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