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動(dòng)植物de novo測(cè)序即動(dòng)植物從頭測(cè)序，指不需要任何參考序列信息即可對(duì)某個(gè)物種進(jìn)行測(cè)序，用生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行拼接、組裝，從而獲得該物種的基因組序列圖譜。
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| [發(fā)表評(píng)論] [本類(lèi)其他服務(wù)] [本類(lèi)其他服務(wù)商] | ||||||||||||||||||
| 服務(wù)商： 深圳華大基因科技服務(wù)有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
測(cè)序通量高：30+DNBSEQ、1臺(tái)PacBio Sequel 、1臺(tái)PacBio Sequel II、2臺(tái) Nanopore PromethION測(cè)序儀保證超高測(cè)序通量。
測(cè)序質(zhì)量好：每種測(cè)序平臺(tái)均執(zhí)行嚴(yán)格質(zhì)控，保證測(cè)序質(zhì)量。
平臺(tái)多樣化：PacBio/ Nanopore/DNBSEQ/Hi-C/stLFR多技術(shù)平臺(tái)，為基因組組裝提供整體解決方案。
應(yīng)用范圍廣：基因組圖譜的完成為后續(xù)基因挖掘、物種起源及進(jìn)化等研究提供大量數(shù)據(jù)支撐。
項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)足：分析人員從業(yè)時(shí)間久、資歷深、經(jīng)驗(yàn)豐富，精通基因組產(chǎn)品相關(guān)的各種分析，為項(xiàng)目的順利交付保駕護(hù)航。
結(jié)果產(chǎn)出高：華大基因已經(jīng)成功完成1000多個(gè)物種的全基因組從頭測(cè)序，合作發(fā)表頂級(jí)期刊文章245篇，封面文章27篇。
產(chǎn)品應(yīng)用
獲得物種的參考序列
研究物種起源與進(jìn)化歷史
挖掘功能基因
搭建物種數(shù)據(jù)庫(kù)
研究?jī)?nèi)容
基因組Survey：
1. 通過(guò)多個(gè)Kmer 估計(jì)基因組大小和基因組雜合率，重復(fù)水平；
基因組組裝(PacBio HiFi)：
1. 組裝；
2. 短序列比對(duì)評(píng)價(jià)；
3. BUSCO 評(píng)價(jià)；
基因組組裝(PacBio CLR/Nanopore+NGS)：
1. 數(shù)據(jù)糾錯(cuò)；
2. 組裝；
3. 組裝結(jié)果長(zhǎng)讀長(zhǎng)糾錯(cuò)；
4. 組裝結(jié)果短讀長(zhǎng)糾錯(cuò)；
5. BUSCO 評(píng)價(jià)；
stLFR組裝:
1. stLFR 組裝得到Scaffold；
2. 補(bǔ)洞；
3. 構(gòu)建Super-Scaffold;
Hi-C 輔助組裝：
1. 數(shù)據(jù)測(cè)試;
2. Hi-C分析;
3. 手工矯正，獲得染色體；
4. 近緣物種比較，染色體定名；
基因組注釋?zhuān)?/strong>
1. repeat注釋
2. 基因結(jié)構(gòu)注釋
3. 基因功能注釋
進(jìn)化分析：
1. 基因家族鑒定（10個(gè)物種以?xún)?nèi)）；
2. 物種系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建;
3. 物種分化時(shí)間估算;
4. 基因組共線性分析;
5. 全基因組復(fù)制分析;
6. 基因家族擴(kuò)張收縮分析;
7. 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)；
8. 特定基因家族分析；
- 定制化信息分析
可結(jié)合客戶(hù)的需求，協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。
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