基因組序列拼接,基因注釋,基因功能分類,比較基因組及進化分析
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真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。據統(tǒng)計,全世界約有150萬種真菌,其中包含許多具有重要的藥用價值和食用價值的有益真菌,同時也存在著大量能夠引發(fā)動植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產和生活具有重要的意義。真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供有用的依據。隨著新一代高通量測序技術的成熟,基因組測序成本已大大降低,使得快速而經濟的進行真菌基因組測序成為可能,目前真菌基因組學研究已經進入了一個快速增長的時期。
百邁客優(yōu)勢
擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據合作老師的具體要求靈活安排實驗,周期短,質量可靠; 技術人員經驗豐富,可在第一時間內為合作老師提供完善的實驗方案,解決實驗問題,分析實驗結果; 擁有專業(yè)的生物信息分析團隊和大型計算機設備,能夠提供個性化的生物信息分析服務。 真菌基因組精細圖采用構建不同大小DNA插入片段的測序文庫,進行Illumina短片段測序和末端配對測序(Mate-Pair,MP)。當測序數據量達到基因組大小的100×以上時,即可保證基因組組裝結果達到精細圖的標準。
基因組序列拼接
原始數據統(tǒng)計、基因組覆蓋度計算、組裝結果統(tǒng)計等。
基因注釋
編碼基因預測,基因功能注釋(NT、NR、Swiss-Prot、Interpro等)、Non-coding RNA注釋、重復序列注釋等。
基因功能分類
GO富集分析、KEGG通路分析等。
比較基因組及進化分析
與近緣物種的基因組序列比對,進行SNP、SV等變異結構檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。