宏基因組測(cè)序

對(duì)特定生境樣品中微生物群體基因組進(jìn)行序列測(cè)定

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問(wèn)：	1069
最后更新：	2013-8-27	半年訪問(wèn)：	5
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服務(wù)商：北京百邁客生物科技有限公司

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公司簡(jiǎn)介

宏基因組測(cè)序是對(duì)特定生境樣品中微生物群體基因組進(jìn)行序列測(cè)定，進(jìn)而分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體多樣性與豐度，探求微生物與環(huán)境，微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。
擁有標(biāo)準(zhǔn)化操作實(shí)驗(yàn)室和高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，可以根據(jù)合作老師的具體要求靈活安排實(shí)驗(yàn)，周期短，質(zhì)量可靠；
技術(shù)人員經(jīng)驗(yàn)豐富，可在第一時(shí)間內(nèi)為合作老師提供完善的實(shí)驗(yàn)方案，解決實(shí)驗(yàn)問(wèn)題，分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果；
擁有專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì)和大型計(jì)算機(jī)設(shè)備，能夠提供個(gè)性化的生物信息分析服務(wù)。

物種鑒定
將所得的16S/18S rDNA序列與Silva、RDP等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，得出樣品中所含物種的信息；
多樣性統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
將所得的16S/18S rDNA序列進(jìn)行聚類，得到相應(yīng)的OTUs（分類操作單元）。通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)手段，分析出環(huán)境樣品中的主要成分及不同樣品間的明顯差異因素。結(jié)合物種鑒定，可以得到關(guān)鍵菌群；
宏基因組拼接
對(duì)環(huán)境樣品DNA進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序后，通過(guò)嚴(yán)格的拼接方式，可獲得較長(zhǎng)的DNA片段。當(dāng)樣品的生物多樣性較低，且達(dá)到一定測(cè)序通量后，很有可能直接獲得一個(gè)或多個(gè)微生物基因組草圖；
功能分析
將所得序列與已有的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，并進(jìn)行基因功能的注釋。其中，常用的數(shù)據(jù)庫(kù)包括NT、NR、GO、COG、KEGG、SEED、Swiss-Prot等；
微生物群落結(jié)構(gòu)及功能
通過(guò)大量測(cè)序，可以獲得樣品的群落結(jié)構(gòu)信息，如微生物物種在該環(huán)境下的分布情況及成員間協(xié)作關(guān)系等。通過(guò)實(shí)驗(yàn)還可以確定一些特殊的主要基因或DNA片段。對(duì)于多個(gè)樣品，還可做相應(yīng)的比較分析，發(fā)掘樣品間的相同點(diǎn)與不同點(diǎn)。

樣品要求：管上請(qǐng)注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口。同時(shí)需詳細(xì)填寫(xiě)樣品信息單，提供nanodrop, Gel-Electrophotometric,或者Aglient中一種或多種形式的樣品分析結(jié)果；
樣品純度：260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間；OD260/230在2.0左右；
樣品濃度：樣品的濃度越高越好，最低不應(yīng)低于100ng/ul；
樣品的量：樣品制備需要大于25 ug 基因組DNA樣品；
電泳檢測(cè)：主帶清晰，無(wú)降解或有部分降解，無(wú)RNA和蛋白污染；
我們收到樣品后，需要對(duì)樣品進(jìn)行檢測(cè)，最終樣品的量和純度，以我們的檢測(cè)結(jié)果為準(zhǔn)；
在運(yùn)輸過(guò)程中，最好放在干冰中，時(shí)間不要超過(guò)72小時(shí)，如果利用冰袋運(yùn)輸，則時(shí)間最好不要超過(guò)24小時(shí)；且在運(yùn)輸過(guò)程中請(qǐng)用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染；
請(qǐng)客戶仔細(xì)純化樣品，盡量避免污染進(jìn)入，并請(qǐng)客戶將所送樣品保留備份。
項(xiàng)目完成，數(shù)據(jù)提交給客戶后，我們將不再保存樣品，如有樣品剩余，客戶需要樣品，請(qǐng)?jiān)陧?xiàng)目進(jìn)行前以書(shū)面或郵件的形式正式說(shuō)明，并在項(xiàng)目結(jié)束后一周內(nèi)將樣品拿走，逾期我們將不予保留。

樣品運(yùn)輸要求

樣品請(qǐng)置于1.5 ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間，管口使用Parafilm封口。在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管（或其他固體支撐物）中，再將50 ml管放在封口袋中。
使用足量的干冰運(yùn)輸（建議盡量選用較大塊的干冰，大塊的干冰揮發(fā)較慢），并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運(yùn)輸過(guò)程中樣品降解的可能性。
如果條件許可，可在郵寄的箱子上下添加部分棉花，以保證盡量隔絕熱量的傳遞。
為了您的實(shí)驗(yàn)順利進(jìn)行，請(qǐng)您務(wù)必填寫(xiě)樣品信息單。

售后服務(wù)

如有問(wèn)題，請(qǐng)及時(shí)聯(lián)系售后熱線：400-600-3186

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