真核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
任意物種的全轉(zhuǎn)錄組分析：無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無需了解物種基因或基因組信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行全面的轉(zhuǎn)錄組分析；
覆蓋度高：數(shù)字化信號(hào)，直接測(cè)定幾乎所有轉(zhuǎn)錄本片段的序列；
檢測(cè)閾值寬：跨越6個(gè)數(shù)量級(jí)的寬檢測(cè)閾值，從幾個(gè)到數(shù)十萬個(gè)拷貝精確計(jì)數(shù)；
分辨率高：可以檢測(cè)基因家族中相似基因及可變剪接造成的單堿基差異；
檢測(cè)范圍廣：從幾個(gè)到數(shù)十萬個(gè)拷貝精確計(jì)數(shù)，可同時(shí)鑒定及定量正常和稀有的轉(zhuǎn)錄本。

產(chǎn)品應(yīng)用
醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用方向——

農(nóng)學(xué)上的應(yīng)用方向 ——

研究?jī)?nèi)容

一、無參考序列物種

標(biāo)準(zhǔn)信息分析：

 1. 測(cè)序數(shù)據(jù)過濾；

2. 轉(zhuǎn)錄組de novo組裝；

3. Unigene七大功能數(shù)據(jù)庫注釋；

4. Unigene的CDS預(yù)測(cè)；

5. Unigene的TF編碼能力預(yù)測(cè)；

6. Unigene的SSR檢測(cè)；

7. Unigene表達(dá)量計(jì)算（基因表達(dá)水平、PCA分析、基因表達(dá)水平箱線圖和密度圖、樣品間的表達(dá)量韋恩圖）；

8. 時(shí)間序列分析；

9. 差異表達(dá)基因檢測(cè)；

10. 差異表達(dá)基因聚類分析；

11. 差異表達(dá)基因GO功能分析；

12. 差異表達(dá)基因Pathway功能分析；

13. 差異基因蛋白互作分析；

14. 真菌致病基因預(yù)測(cè) （真菌樣本）；

15. 植物抗病基因預(yù)測(cè)（植物樣本）。

定制化信息分析：

1. 可結(jié)合客戶的需求，協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容。

二、有參考序列物種

標(biāo)準(zhǔn)信息分析：

1. 基本數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)① 去除接頭序列、低質(zhì)量序列得到reads信息，② 樣品相關(guān)性，③ 表達(dá)量分布，④ RNA分類；

2. 參考基因組比對(duì)；

3. mRNA鑒定；

4. mRNA定量分析；

5. mRNA差異表達(dá)分析（樣本間、組間）；

6. mRNA表達(dá)/差異基因聚類；

7. mRNA差異基因GO分類、富集；

8. mRNA差異基因KEGG分類、富集；

9. mRNA結(jié)構(gòu)分析：可變剪切分析；

10. mRNA結(jié)構(gòu)分析：融合基因分析（僅限人）。

Dr.Tom信息分析：

一）數(shù)據(jù)庫注釋

1. 轉(zhuǎn)錄因子注釋（AnimalTFDB/PlantTFDB）；

2. GSEA分析；

3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro數(shù)據(jù)庫注釋；

二）互作網(wǎng)絡(luò)分析

1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向關(guān)系分析，② lncRNA-mRNA靶向關(guān)系分析；

2. ceRNA互作網(wǎng)絡(luò)分析；

3. 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析；

4. 共表達(dá)互作網(wǎng)絡(luò)分析；

三）特色分析

1. 自定義標(biāo)簽和自有數(shù)據(jù)上傳；

2. 外部數(shù)據(jù)庫信息（TCGA、ARCHS4）；

3. 關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因網(wǎng)絡(luò)圖分析；

4. 時(shí)間序列分析。

（*以上分析內(nèi)容為部分物種可做。）

定制化信息分析 ：

1. 可結(jié)合客戶的需求，協(xié)商確定定制化信息分析內(nèi)容