LncRNA高通量測(cè)序,采用去核糖體鏈特異性建庫(kù)方法,對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼 RNA、mRNA 、環(huán)狀RNA等大RNA進(jìn)行測(cè)序研究。
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產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
1. 超高的技術(shù)穩(wěn)定性
同一樣本重復(fù)建庫(kù)相關(guān)性Pearson值大于0.993;
2. 豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)
已完成萬(wàn)例lncRNA項(xiàng)目,涉及人鼠及動(dòng)植物物種;
3. 精湛的技術(shù)工藝
可承接人、鼠、動(dòng)植物樣品,外泌體、FFPE等,樣品起始量低至20ng;
4. Dr.Tom多組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)交付,分析無(wú)憂
一次測(cè)序即可獲得mRNA、lncRNA、circRNA及關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)分析結(jié)果;
10大數(shù)據(jù)庫(kù)注釋,多維度結(jié)果圖片展示,數(shù)據(jù)圖表循環(huán)挖掘;
ceRNA、蛋白、共表達(dá)、關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因互作網(wǎng)絡(luò)分析可視化;
系統(tǒng)隨時(shí)更新文獻(xiàn)信息,查基因得文獻(xiàn),便于文章撰寫;
5. 嚴(yán)格的質(zhì)量管理
實(shí)驗(yàn)全程采用全方位質(zhì)控體系,應(yīng)用質(zhì)量管理體系金標(biāo)準(zhǔn);
6. 貼心的售后支持
7*24小時(shí)全天候技術(shù)支持,快速響應(yīng)客戶需求。
產(chǎn)品應(yīng)用
1. 細(xì)胞分化和發(fā)育調(diào)控機(jī)理的研究
2. 疾病標(biāo)志物的尋找
3. 疾病的分子診斷
4. 基因藥物的研發(fā)
信息分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)信息分析(circRNA僅限人、小鼠)
1、基本數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
① 去除接頭序列、低質(zhì)量序列得到reads信息
② 樣品相關(guān)性
③ 表達(dá)量分布
④ RNA分類
2、參考基因組比對(duì)
3、lncRNA、mRNA、circRNA鑒定
4、lncRNA、mRNA、circRNA定量分析
5、lncRNA、mRNA、circRNA差異表達(dá)分析(樣本間、組間)
6、lncRNA、mRNA、circRNA表達(dá)/差異基因聚類
7、mRNA差異基因GO分類、富集
8、mRNA差異基因KEGG分類、富集
9、mRNA結(jié)構(gòu)分析
① 可變剪切分析
② 融合基因分析(僅限人)
高級(jí)信息分析
一)數(shù)據(jù)庫(kù)注釋
1、轉(zhuǎn)錄因子注釋(AnimalTFDB/PlantTFDB)
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro數(shù)據(jù)庫(kù)注釋
二)互作網(wǎng)絡(luò)分析
1、 靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向關(guān)系分析
② lncRNA-mRNA靶向關(guān)系分析
2、 ceRNA互作網(wǎng)絡(luò)分析
3、 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析
4、 共表達(dá)互作網(wǎng)絡(luò)分析
三)特色分析
1、外部數(shù)據(jù)庫(kù)關(guān)聯(lián)分析(TCGA、ARCHS4)
2、關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因網(wǎng)絡(luò)圖分析
3、時(shí)間序列分析