mRNA有參考基因組解決方案

有參考基因組轉(zhuǎn)錄組分析對(duì)硬件的需求主要在比對(duì)這一環(huán)節(jié)。內(nèi)存的容量是比對(duì)速度的關(guān)鍵因素。

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目前常見模式生物的基因組序列大都被測(cè)序出來(lái)，針對(duì)這些物種的轉(zhuǎn)錄組分析設(shè)計(jì)的方案稱之為有參考基因組解決方案。

硬件需求

有參考基因組轉(zhuǎn)錄組分析對(duì)硬件的需求主要在比對(duì)這一環(huán)節(jié)。內(nèi)存的容量是比對(duì)速度的關(guān)鍵因素。

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解決方案概要

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制

與參考序列比對(duì)

比對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量控制

可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)

差異表達(dá)分析

解決方案模塊選擇

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制	FastQC 、PringSeq
測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理	FASTX-Toolkit 、Cutadapt
與參考序列比對(duì)	BWA、Bowtie Tophat
比對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量控制	RSeQC、Qualimap、RNA-SeQC
可變剪接分析以及新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)	Cufflinks、Scripture
差異表達(dá)分析	Cuffdiff、DESeq、DEXseq、DEGseq、EdgeR
SNP calling	Samtools、SOAPsnp
差異基因GO 富集和Pathway 富集分析	GOSeq、DAVID、KEGG
差異基因互做網(wǎng)絡(luò)	Cytoscape

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