Small RNA測(cè)序解決方案

Small RNA數(shù)據(jù)量相對(duì)較小，因此對(duì)硬件資源的消耗不會(huì)太高。

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Small RNA是生物體內(nèi)一類重要的提供因子，包括microRNA、siRNA和piRNA等。它們通過誘導(dǎo)基因沉默，降解靶基因等方式調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄和翻譯進(jìn)而影響生物體生長(zhǎng)、發(fā)育和疾病發(fā)生等生物學(xué)過程。

硬件需求

Small RNA數(shù)據(jù)量相對(duì)較小，因此對(duì)硬件資源的消耗不會(huì)太高。

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解決方案概要

分析之前的第一步是要去除3’ 端的adapter。

microRNA的長(zhǎng)度范圍在17-22bp，將長(zhǎng)度<15bp的reads過濾掉，提高分析的準(zhǔn)去率。

將reads與miRbase數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，篩選出已知的microRNA。

其他的Small RNA 比如snoRNA, tRNA, piRNA等也會(huì)被測(cè)序出來存在于Reads中。將Reads和RNA家族數(shù)據(jù)庫(kù)Rfam比對(duì)，對(duì)Small RNA進(jìn)行注釋，并且過濾掉。

對(duì)多樣本而言，miRNA表達(dá)差異分析可以有效鑒定出具有調(diào)控功能miRNA。

被測(cè)序的數(shù)據(jù)中除了已知的microRNA，還可能存在未被驗(yàn)證的新的microRNA，具有有效的調(diào)控功能。因此找尋新的miRNA可以為調(diào)控機(jī)制帶來幫助。

基因是miRNA作用的靶，miRNA通過作用于靶基因進(jìn)而調(diào)控生物學(xué)過程。尋找靶基因更能認(rèn)知到生物學(xué)過程的調(diào)控通路。

解決方案模塊選擇

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制	FastQC 、fastx_clipper 、Cutadapt
與miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，鑒定已知microRNA	Blastn、Bowtie、miRanalyzer
與Rfam數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，鑒定注釋rRNA、tRNA、snRNA等	Bowtie、Blastn、tRNAscan-SE
預(yù)測(cè)新的microRNA	miRDeep2、Mireap、miREvo
無生物學(xué)重復(fù)的microRNA表達(dá)模式分析	DEGseq
有生物學(xué)重復(fù)的microRNA差異表達(dá)分析	DESeq
microRNA的表達(dá)模式聚類分析	Cluster
microRNA靶基因預(yù)測(cè)	miRanda、RNAhybrid、Srnatools
已知和新miRNA靶基因GO注釋	Blast2go
已知和新miRNA靶基因Pathway分析	KASS/KEGG
miRNA與基因相互作用網(wǎng)絡(luò)	Cytoscape

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